Село Сям-Можга было основано в 1861 году. В этом же году, согласно указу Священного Синода от 13 марта, был открыт приход и заложена первая церковь. Она была деревянной и построена на средства прихожан, а старостой стал Илларион Кокоулин. Церковь освятили в честь святого Василия Великого. В 1868 году при ней открылось церковно-приходское попечительство, а в 1878 году, церковно-приходская школа.

Первым настоятелем стал Протоирей Матфей Кибардин, сыгравший ключевую роль в создании Михайло-Архангельской церкви. Он понимал, что со временем потребуется новый храм, так как в приходе было много сел и деревень, таких как Вавож, Мултан, Сюмси и другие.

В 1902 году началось строительство каменного храма на средства прихожан и благотворителей. Пожертвования собирались на кладку и провизию для строителей. Народ активно участвовал в строительстве, и через пять лет церковь была возведена. Протоирей Матфей Кибардин не дожил до завершения строительства в 1907 году, и его дело продолжил сын, священник Василий Кибардин. 9 декабря 1909 года он освятил церковь по благословению архиепископа Вятского и Слободского Филарета, и главный престол был посвящен Архангелу Михаилу. Деревянная Васильевская церковь была закрыта после завершения каменного храма.

В феврале 1917 года началась революция в Петрограде, и хаос затронул всю Россию, включая церковь. В Сям-Можге, как и в других местах, шли бои между красными и белыми. Несмотря на это, церковь продолжала действовать, и убитых хоронили в общей могиле на ее территории.

Приход к власти большевиков привел к санкциям против храма, и в 1930 году было принято решение о его закрытии. Однако попытка ликвидации не удалась благодаря усилиям местных жителей, которые собирали подписи и делали все возможное для сохранения церкви.

Михаило-Архангельский храм в Сям-Можге отметил 100-летие. Несмотря на сбитые колокола, новая власть не нанесла значительного вреда церкви. О судьбах служивших в храме с 1920 по 1960 годы мало что известно, кроме того, что Василий, сын первого настоятеля, умер в родном селе.

С началом Великой Отечественной войны потребность в храме возросла, и в 1942 году церковь вновь открыли. В этот период в ней служили священники, имена которых не сохранились. С тех пор храм больше не закрывался. В послевоенные годы его частично реставрировали, а в 1960-е годы организовали придел для зимнего времени.

В 1990-е годы, благодаря помощи благотворителей, церковь была отремонтирована, а в 1992 году предприятием «Ижсталь» были отлиты и установлены новые колокола.