Село Сям-Можга было основано в 1861 году, и в том же году, согласно указу Священного Синода от 13 марта, был открыт приход. Тогда же была заложена и построена первая деревянная церковь на средства прихожан, старостой которой стал Илларион Кокоулин. Церковь освятили в честь Святого Василия Великого. Она активно служила прихожанам: в 1868 году при ней было создано церковно-приходское попечительство, а в 1878 году открылась церковно-приходская школа.

Первым настоятелем церкви был Протоиерей Матфей Кибардин, сыгравший ключевую роль в основании Михайло-Архангельской церкви. Еще при строительстве деревянного храма он осознавал необходимость нового здания для прихожан, так как местность была густонаселенной. К 1889 году в состав прихода входили села и деревни, такие как Вавож, Мултан, Сюмси и другие.

В 1902 году началось строительство каменного храма на средства прихожан и благотворителей. Пожертвования собирались на кладку и провизию для строителей, а также активно помогали местные жители. Строительство заняло пять лет.

Протоиерей Матфей Кибардин не дожил до завершения строительства в 1907 году, и его дело продолжил сын, священник Василий Кибардин. 9 декабря 1909 года он освятил церковь по благословению архиепископа Вятского и Слободского Филарета. Главный престол был освящен в честь Архангела Михаила, а деревянная Васильевская церковь была закрыта.

В феврале 1917 года началась революция, и хаос затронул всю Россию, включая церковь. В Сям-Можге, как и в других местах, шли бои между красными и белыми. Несмотря на это, церковь продолжала действовать, а погибших хоронили в общей могиле на ее территории. Приход к власти большевиков привел к санкциям против храма, и в 1930 году было решено его закрыть. Однако попытка ликвидации церкви не удалась благодаря усилиям местных жителей, которые собирали подписи и старались сохранить храм.

Хотя колокола были сбиты, церковь не пострадала значительно от новой власти. Судьбы служивших в церкви с 1920 по 1960 годы малоизвестны, но известно, что сын первого настоятеля, Василий, не был сослан и умер в родном селе.

С началом Второй мировой войны, в 1942 году, Михайло-Архангельская церковь была вновь открыта, так как потребность в храме была велика. Во время войны службы проводили священники, чьи имена не сохранились. С тех пор церковь больше не закрывалась.

В послевоенные годы храм частично реставрировался. В 1960-е годы был организован придел для зимних служб, так как не было средств на отопление. В 1990-е годы, благодаря благотворителям, церковь была отремонтирована, а в 1992 году ОАО «Ижсталь» изготовило и установило новые колокола.