Храм, изначально деревянный, был построен в 1859 году и освящен в честь Архистратига Божия Михаила. В начале XX века, около 1908 года, его перенесли в центр села, обложили кирпичом и вновь освятили, но уже в честь Пресвятой Троицы. Отделочные работы завершились к 1917 году, однако после революции храм закрыли. В советское время в его стенах размещались различные учреждения, включая кинотеатр.

В начале 1990-х годов здание храма вернули православной церкви. Был зарегистрирован приход, и храм полностью восстановили. Сейчас в нем регулярно проходят богослужения. Храм признан объектом культурного наследия областного значения. 13 апреля 2009 года на въезде в город Красный Кут был установлен и освящен Поклонный Крест. Чин освящения провел благочинный Южного округа, настоятель Свято-Троицкого храма города Красный Кут, священник Александр Писларь, в сослужении духовенства Южного благочиния.