В 1867 году была выделена земля для скита у Иннокентьевского источника, а в 1872 году началось строительство деревянного храма. В 1874 году на месте Жилкинского скита, который долгое время служил обителью святого Иннокентия Иркутского, была возведена церковь во имя Святого Архистратига Михаила. Здесь находятся два целебных источника. Храм освятили 27 июня 1876 года в честь Архистратига Михаила и других Небесных Сил бесплотных. Церковь небольшая, предназначенная для немногих отшельников Вознесенского монастыря, а не для большого числа верующих. Она расположена в начале одного из крупнейших микрорайонов города, в северо-западной части, на небольшой территории. Ранее здесь простирались обширные угодья знаменитого Иркутского Вознесенского мужского монастыря.

Первый иркутский епископ святитель Иннокентий, проходя в Малую Елань, часто останавливался у источника, отдыхал на берегу небольшого озера и молился. Икона святителя до сих пор украшает часовню над источником, который и сегодня называется Иннокентьевским. Окрестности и железнодорожная станция, несмотря на новые названия, в то время носили имя святителя Иннокентия.

В июне 1945 года храм был вновь открыт, и настоятелем стал Александр Доброхотов. При нём в 1948 году были построены два придела и дом для настоятелей. В 1953 году проведён капитальный ремонт храма, изменились его форма и крест. Храм окружён небольшим кладбищем с чудом сохранившейся рощицей. Рядом находится новое двухэтажное здание церковно-приходской школы, построенное в 1994-1996 годах. В 1994 году возвели часовню над Иннокентьевским источником, а через три года построили иконописную мастерскую.