Церковь Марии Сионской построена из серого камня. Перед ней расположено традиционное место коронации эфиопских императоров, представляющее собой несколько гранитных камней, по форме напоминающих неглубокие кресла. У ворот храма стоит медная пушка.

Внутри церковь украшена яркими фресками. Своды поддерживаются четырьмя массивными столбами, на которых висят картины с библейскими сюжетами. В центре зала подвешена бронзовая люстра. Алтарь обычно закрыт разноцветным покрывалом.

Стены старинных церквей, таких как Дебра Берхан Силассие, обычно украшены росписями. Художники того времени имели иное представление о пропорциях и не знали перспективы и объема, что напоминает русскую иконопись.

Главная святыня храма, ларец, известный как Ковчег завета, хранится в специальной часовне, построенной в 1965 году в десяти метрах от северо-восточного угла старой церкви. По преданию, в ларце находились золотой сосуд с манной небесной, жезл Аарона и две из десяти скрижалей с заповедями Ветхого завета, полученные Моисеем на горе Синай. В прежние времена Ковчег, накрытый покрывалом из зелёного и красного бархата, покидал храм во главе процессии на большие церковные праздники.