Деревня Кислая была основана около 1690 года. В 1721 году в ней построили церковь, после чего деревня стала называться селом Кислянским.

Церковь несколько раз перестраивалась. Во время ремонта в 1970-х годах было видно, что сначала был построен центральный неф, а затем добавлены два боковых, северный и южный. Колокольня и "летняя церковь" были пристроены во второй половине XIX века. Метрические книги Кирилловской церкви сохранились с 1780 года, когда по указу Екатерины II их впервые ввели в церквях.

Ученица Кислянской средней школы Ирина Игишева под руководством Ларисы Юрьевны Черепановой изучила историю Кирилловской церкви и подготовила доклад для областной краеведческой конференции 2008 года. Вот выдержки из этого доклада:

Селу Кислянскому в Юргамышском районе более трехсот лет. В конце XVII века сюда пришли первопоселенцы в поисках лучшей жизни. Все жители были православными и до 1721 года посещали церковь в селе Окуневском. Затем они построили свою церковь в честь святого Кирилла Белозерского.

В 1721 году в селе Кислянском была построена деревянная церковь во имя святого Кирилла, игумена Белозерского монастыря, основанного в 1397 году. Основатели села прибыли с севера Европейской части России, где почитали этого святого.

Изначально приход церкви охватывал почти все деревни северной части современного Юргамышского района. В 1838 году был выделен Карасинский приход, в 1868, Островской, а в 1871, Малобеловский.

В середине XIX и начале XX века в приходе служили представители семьи Бирюковых. Василий Григорьевич Бирюков был сверхштатным священником с 1847 года, а с 1852 года, за штатом. В 1903 году в штате появился Александр Алексеевич Бирюков, которому было 18 лет.

В начале 1930-х годов начались гонения на церковь, ее разграбление. Важные церковные предметы были спрятаны под полом, а затем растащены жителями.

С 1930-х до начала 1950-х годов в церкви хранили государственное зерно. В 1954 году кирпич из стен пытались использовать для колхозной электростанции, но он оказался слишком крепким и был вывезен на плотину.

В начале 1950-х годов колхоз построил сушилку для зерна рядом с церковью, и при этом были обнаружены захоронения священников. В 1982 году при прокладке теплотрассы снова наткнулись на гробы и кости. Сельский дом культуры был построен на месте кладбища.

Пол в зимней церкви был выложен чугунными плитами с орнаментом, которые теперь можно увидеть в оградах соседних деревень. Колокольня завершалась главой-луковицей с крестом, который в итоге был сдан в металлолом.

К 1983 году Кирилловскую церковь отремонтировали на средства колхоза под руководством О. А. Аскаровой, и в ней открыли магазин, так как открыть церковь для верующих было невозможно.

В 2006 году по инициативе Ольги Алексеевны Аскаровой началось восстановление церкви Кирилла Белозерского в селе Кислянском.