Православный приход в селе Анзирка был основан в начале XVIII века. В 1848 году, вместо старого деревянного здания, началось возведение нового каменного храма с тремя престолами, посвященного Казанской иконе Божией Матери. В том же году был освящен правый Богоявленский придел, в 1856 году, центральный, а в 1865 году, левый, в честь святителя Николая Чудотворца. Строительство финансировалось прихожанами и из-за недостатка средств длилось долго. В 1939 году храм закрыли, и в его стенах разместили зернохранилище. Со временем здание оказалось заброшенным. В 1998 году храм вернули Казанской епархии, и при нем организовали скит Казанско-Богородицкого Елабужского монастыря. В период с 1998 по 2004 годы рядом с храмом построили дом для монахинь, хозяйственные постройки, а также начали возведение игуменского дома и просфорни. 27 сентября 2003 года архиепископ Казанский и Татарстанский Анастасий освятил восстановленный храм, а в 2004 году были освящены приделы. Сейчас в храме проходят богослужения по воскресеньям и в праздничные дни.