Территория, где расположена Казанско-Богородицкая Церковь, была включена в состав Вятского наместничества в 1780 году, а сама церковь вошла в Вятскую епархию в 1791 году согласно Указу Правительствующего синода от 14 февраля 1791 года. В архивах Вятского губернского правления, Вятской губернской казенной палаты, Вятской духовной консистории и Вятского губернского статистического комитета найдены документы, касающиеся истории села Можги с конца XVIII века. Клировая ведомость Богородицкой церкви села Можги за 1844 год сообщает, что церковь холодная, деревянная и построена в 1754 году.

16 марта 1780 года по указу Казанской духовной консистории и резолюции архиепископа Казанского и Свияжского Амвросия было приказано построить в селе Можга Елабужской округи деревянную церковь во имя святителя Василия Великого из-за отсутствия там теплой церкви. Церковь была возведена по указу Вятской духовной консистории по просьбе священнослужителей Богородицкой церкви и прихожан, и освящена протоиереем Елабужского Спасского собора Иоанном 22 октября 1791 года. Под прошением подписались прихожане из села и 33 окрестных деревень. Приложена ведомость о церкви и краткая справка о приходе, в котором числилось 607 дворов и 5407 жителей, включая священнослужителей.

В клировой ведомости Богородицкой церкви села Басурман Можги за 1802 год указано, что в селе есть две деревянные церкви: холодная Богородицкая и Василия Великого. В приходе по последнему разбору было 465 дворов, а теперь 776.

18 марта 1806 года в трапезной теплой церкви из-за неосторожности сторожа Тимофея Фомина произошел пожар, который повредил стены, потолок и крышу, уничтожил некоторые вещи, а также повредил иконостас и образы святых. К маю 1807 года иконостас и образы были восстановлены, стены и потолок обновлены, а престол и жертвенник получили новые одежды. Осенью 1807 года богослужения возобновились.

25 марта 1812 года церковный староста Симеон Васильев и прихожане девяти деревень приняли решение о строительстве новой каменной церкви вместо старых деревянных. Новая церковь должна была включать холодную часть во имя Казанской Божьей Матери с двумя теплыми приделами: святителя Василия Великого и Николая Мирликийского Чудотворца.

Епископ благословил строительство, и 12 апреля того же года была начата сборка пожертвований на пять лет. К весне 1816 года почти весь необходимый материал был заготовлен, и 3 марта по просьбе священника Иоанна Анисимова была выдана храмозданная грамота.

Строительство теплой каменной церкви завершилось в 1821 году. Иконостас из старой деревянной церкви был перенесен в правый придел новой церкви, освящение которого состоялось 13 ноября 1821 года. Разрешено было разобрать старую деревянную церковь, а престол уничтожить. Холодная часть новой церкви была освящена 21 октября 1861 года.