В середине XVIII века в юго-западной части Земляного города, на Киселевском бугре, появилась слобода, заселенная новыми жителями. Её назвали Безродной, так как основную часть населения составляли беглые крестьяне. Они посещали Петропавловскую церковь, расположенную у Адмиралтейства. В 1744 году началось строительство канала, который отделил Безродную слободу от этой церкви. В 1763 году, когда в слободе насчитывалось около трехсот дворов, её жители обратились к астраханскому епископу Мефодию с просьбой перенести к ним деревянную церковь Святителя Иоанна Златоуста, находившуюся при Крестовоздвиженском храме. Получив разрешение, в том же году церковь была перенесена в центр Киселевского бугра, где был учрежден приход. Деревянная церковь была мала и ветха, поэтому её священнослужители вместе с церковным старостой Даниилом Ивановичем Плотниковым обратились в Духовную Консисторию за разрешением на сбор средств для строительства нового храма. Было собрано почти 10 тысяч рублей пожертвований. Церковный причт договорился с титулярным советником Николаем Михайловичем Ладыженским о производстве до ста тысяч кирпичей на его заводе. Строительство храма велось с 1823 по 1826 год. Внутренняя отделка была завершена к октябрю 1826 года, и 10 октября храм освятил Астраханский архиепископ Павел Суботовский. Важную роль в строительстве сыграл благотворитель Иван Петрович Шарыгин. Новая каменная церковь была построена вместе с высокой двухъярусной колокольней и каменной трапезной. Интересно, что колокола церкви были настроены по камертону.

В современный период, 25 августа 2001 года, состоялось торжественное освящение закладки первого камня новой колокольни, завершенной в 2002 году. Она была построена в классическом стиле, точно повторяя старые формы, и придала церкви гармоничный вид. Храм венчает мощный шлемообразный купол на восьмиграннике, установленном на четырёх стенах в стиле "восьмерик на четверике", популярном в средней полосе России. Во второй половине XIX века белые фасады были переделаны, и тогда на них появились барельефы с изображениями святых, напоминающие работы Николая Николаевича Ге, известного русского живописца. Эти барельефы были восстановлены в 1956 году и сейчас гармонично вписываются в облик церкви. Над входом в храм размещена лепная фигура святителя Иоанна Златоуста, а на западном фасаде колокольни, фигурки ангелов в скорби, отражающие восприятие русской художественной интеллигенцией второй половины XIX века образа и учения спасителя. Барельефные композиции Златоустовской церкви выражают неизбежность страданий, терпение и силу подвижничества. Внешний вид храма сегодня почти не отличается от дореволюционного.