Деревянный храм был построен и освящён в 1730 году. В 1735 году Т. Мартынов продал часть земли, унаследованной от отца, своему племяннику А. Мартынову. В 1741 году Н. Мартынов передал часть недвижимого имущества в Новиковке в приданое своей дочери П. Киреевой. В 1748 году вдова С. Яковлева, помещица М. Каракозова, унаследовала часть Новиковки вместе с сыном и племянником. В 1754 году они продали свою долю М. Пилюгиной. В 1773 году на месте старой церкви была возведена новая, также деревянная. В середине 1770-х годов после ухода войска Емельяна Пугачёва в окрестностях села ещё некоторое время действовала одна из его шаек. В 1802 году вдова О. Евсюкова просила разрешение на строительство в Новиковке новой каменной церкви вместо старой деревянной, но к 1804 году она вышла замуж и отказалась от этой идеи.

На момент отмены крепостного права в Новиковке насчитывалось 58 домохозяйств, в которых проживали 344 мужчины и 358 женщин. Рядом проходил просёлочный тракт из Саратова в Кузнецк, в селе функционировали церковь и земская школа, открытая 11 марта 1861 года. 23 сентября 1865 года епископ Саратовский и Царицынский Иоанникий освятил новую деревянную Иоанно-Предтеченскую церковь, построенную вместо старой. В 1879 году по проекту известного саратовского архитектора К. В. Тидена на средства прихожан была возведена четвёртая и последняя в истории Новиковки церковь во имя Иоанна Предтечи. Это деревянное здание на каменном фундаменте имело колокольню, железную крышу и отопление. При храме находилась деревянная сторожка, а в 1900 году прихожане построили церковные дома для священника и псаломщика. 29 октября 1901 года в храме освятили новый престол.

В селе действовали церковь и земская школа. В 1917 году в Новиковке было 170 дворов, 596 мужчин и 602 женщины. При Советской власти Новиковка стала центром одноимённого сельсовета и до образования Базарно-Карабулакского района входила в Вольский уезд. На базе земской школы была создана новая начальная школа. Иоанно-Предтеченскую церковь закрыли в годы богоборческих кампаний и позже разрушили. Сейчас на её месте установлен поклонный крест.