Первое упоминание о Борисоглебских колоколах встречается в монастырских летописях 1566 года, когда царь Иван Грозный подарил Борисо-Глебской обители колокол весом 138 пудов. Этот колокол был крупнейшим на звоннице до 1758 года, когда на средства монастыря был отлит новый колокол весом 261 пуд. Колокольный набор на звоннице неоднократно менялся: колокола иногда разбивались и их переливали. Так, в 1817 году колокол Ивана Грозного треснул и был перелит с добавлением новой меди.

К началу XX века на звоннице было 9 колоколов, и самым большим оставался колокол в 261 пуд. В 1913 году борисоглебские крестьяне обратились к настоятелю монастыря архимандриту Власию с просьбой разрешить сбор средств для отливки нового колокола, который бы соответствовал величию обители. Деньги собирали всем миром, значительные суммы внесли санкт-петербургские купцы Александр Иванович Улыбин и Василий Иванович Черепенников, а также архимандрит Власий. Колокол весом 606 пудов был отлит в Ярославле на заводе купцов Оловянишниковых. Его торжественно подняли 13 октября 1913 года, а освящение провёл архиепископ Ярославский и Ростовский, будущий Патриарх Московский и всея Руси, Тихон Беллавин.

После революции начались реквизиции церковных ценностей, включая колокола. В Борисоглебский монастырь представители треста "Рудметаллторг" прибыли в октябре 1929 года. Старожилы вспоминали, что за несколько дней до снятия колоколов монастырские ворота закрыли и поставили вооружённую охрану. Сброшенные колокола разбивали для удобства транспортировки. К концу 1930-х годов в России погибло 99% колоколов, колоколитейные заводы прекратили работу, а навыки звонарей были утрачены.

Первый звон колоколов после почти шестидесятилетнего перерыва борисоглебцы услышали в августе 1988 года. Тогда на звонницу подняли 18 старинных колоколов, собранных работниками Борисоглебского филиала Ростовского музея по окрестным сёлам и деревням. Эти колокола сопровождали первую службу в вновь открывшемся в 1989 году Борисоглебском соборе и первый Иринарховский крестный ход в 1997 году. После снятия этих колоколов в январе 2009 года их переместили в запасники Ростовского музея. К Пасхе 2009 года на звонницу подняли десять новых колоколов, отлитых в Тутаеве на заводе мастера Николая Шувалова. Самый большой из них весит 5200 кг. Этот набор был подарен монастырю московскими предпринимателями и меценатами братьями Ананьевыми в честь 645-летия Борисоглебской обители. Теперь в утренней тиши Борисоглеба раздаются звуки благовеста. В июне 2009 года на звоннице восстановили часозвон, а в 2010 году иконописец Елена Лавриненко заново написала фреску "Иоанн Креститель, Ангел пустыни" в нише между арочными пролётами верхнего яруса.