Строительство домовой церкви Иоанна Предтечи при архиерейском доме началось после завершения основных работ на административно-жилом корпусе в конце 1880 года. В 1888 и 1891 годах гражданский инженер П. Масленников уточнил проект, составил смету и провел расчеты устойчивости сводов и арок церкви. Он также руководил строительством, завершенным к 1897 году. В 1900 году церковь впервые расширили, надстроив трапезную и обогатив интерьеры под руководством архитектора А. А. Фольбаума. В 1914 году церковь была расширена крупной пристройкой к южному фасаду трапезной, что приблизило южный вход к главной улице. Этот вход был оформлен большим арочным проемом с витражами. Архиерейский дом с церковью и садом формировал квартал и участок застройки Новособорной площади и главной улицы, Воскресенской, ныне проспект Мира.

Помещение церкви примыкает с южной стороны к архиерейскому дому, формируя угол проспекта Мира и улицы Горького.

Здание включает в себя первоначальное ядро: крестообразную в плане церковь, квадратный в основании храм с прямоугольным алтарем и двумя боковыми приделами, вытянутую трапезную и широкое основание колокольни, а также поздние пристройки у южного и северного фасадов, подчеркивающие поперечную ось объема. На четверике установлен широкий восьмерик храма с узкими диагональными гранями, завершенными ложными люкарнами с треугольными фронтонами.

Грани по сторонам света содержат высокие прямоугольные окна, врезающиеся в венчающий карниз. Окна обрамлены полуколонками с дынькой и завершены кокошниками килевидной формы. Подобные кокошники-закомары обрамляют ложные круглые люкарны над алтарем и южным приделом. Углы восьмерика украшены полуколонками с перехватами. Объем храма завершается невысоким барабаном с восемью гранями, служившим основанием шатровой кровли, и невысокой сферической кровлей над сводом храма. Широкий профилированный карниз нижнего яруса церкви раскрепован по угловым лопаткам.

Цоколь из гранитных блоков завершен профилем из вала и двух полок. Сохранившийся объем колокольни, двухярусный четверик, выступает на западном фасаде, повторяя оформление боковых ризалитов восточного фасада административно-жилого корпуса. Характер обрамлений окон и лопаток аналогичен на обоих корпусах дома. Они повторены и на поздних пристройках, но не оштукатурены и несколько огрублены. Торец южного выступа прорезан огромным арочным проемом, заполненным витражом. По сторонам проема массивные полуколонки с квадратными перехватами поддерживают участки карниза нижнего яруса.

Над широкой клинчатой перемычкой возвышается глухой щипец, над которым помещалась небольшая главка. Основные конструкции видны даже в затесненном перекрытиями и перегородками объеме, что позволяет воссоздать интерьер церкви. Обширное пространство трапезной и соединенных с ней большими арочными проемами приделов и пристроек контрастирует с полузамкнутым сравнительно небольшим пространством храма и притворов. Храм перекрыт восьмилотковым сводом, опирающимся на конструкцию из чередующихся трапециевидных парусов и лотков, прорезанных надоконными распалубками.

Над приделами и притвором расположены коробовые своды с лотками, а над квадратными западными пристройками, сомкнутые. Сохранились профили обрамлений арок, часть потолочных тяг и фрагменты темперной живописи на стенах и сводах, скрытые под известковой и масляной покрасками.

Размеры церкви по оси запад-восток составляют 25 метров, по оси север-юг, 18 метров.

Утрачены шатровые завершения церкви и ярус звона колокольни. Внутреннее пространство разделено междуэтажным перекрытием по стальным балкам и перегородками. Устроена капитальная трехмаршевая лестница. Изменен рисунок витража.

Это памятник культовой архитектуры второй половины XIX века в русском стиле, отличающийся своеобразной и сложной объемно-планировочной композицией. Он является частью многофункционального здания-комплекса и сохраняет значительную градоформирующую роль благодаря своим крупным размерам, богатству и разнообразию форм и силуэта.

В 2002 году перед зданием установлен памятник врачу и священнику Валентину Феликсовичу Войно-Ясенецкому, работавшему во время войны в эвакогоспитале.

В 2012-2015 годах были проведены ремонтно-реставрационные работы. Демонтировали позднюю деревянную пристройку, не представляющую исторической ценности, обустроили водоотведение и отмостку по периметру здания, устроили новые крыльца и входы, отремонтировали и усилили деревянные элементы крыши, организовав эффективное водоотведение атмосферных осадков, реставрировали и воссоздали архитектурный деревянный декор, оконные заполнения, ставни, двери, полы и декор потолков. Также были проведены работы по устройству сетей инженерного обеспечения с учетом стилистики объекта культурного наследия, замена существующих перекрытий на железобетонные, реставрация лестниц и покрытий полов, роспись храма, благоустройство территории с устройством кирпичной ограды и реставрация исторической ограды.