В конце XIX века развитие производства на Ярославской Большой мануфактуре привело к увеличению числа прихожан, и Никольская церковь уже не могла их вместить. В связи с этим руководство Товарищества Ярославской мануфактуры решило построить более просторную церковь. Летом 1904 года был заложен новый храм, средства на строительство которого предоставили владельцы предприятия: Иван Андреевич и Андрей Александрович Карзинкины, а также Гавриил Матвеевич Игумнов. Строительство завершилось к 1908 году, в год 50-летия превращения мануфактуры в фабрику. Новый храм стал частью Николо-Мельницкого храмового ансамбля. Престолы были посвящены святым, покровителям строителей: главный, преподобному Иоанну Спостнику, приделы, преподобномученику Андрею Критскому и Архангелу Гавриилу. Народное название храма, Андрея Критского. Освящение проводил архиепископ Ярославский и Ростовский Тихон Беллавин, будущий Патриарх Московский и всея Руси. Архитектура храма Андрея Критского сочетает древний византийский стиль и модерн начала XX века, аналогов на ярославской земле нет, как и у Петропавловского храма. Перед входом возвели шатровую колокольню, над основным четвериком поднялась большая главка на массивном барабане, над приделами, две меньшие главы. Внутри был резной дубовый иконостас. В 1929 году церковь закрыли, главы сняли. Некоторое время здание использовалось как склад, а с 1952 года в нем размещались Дом физкультуры и детская спортивная школа. В 2010 году, к 1000-летию Ярославля, храм вернули Русской Православной Церкви. Первое богослужение состоялось 30 октября 2010 года, в день памяти преподобномученика Андрея Критского.