Село Афанасьево в прошлом входило в состав дворцовой волости с центром в Александровской Слободе, являясь её присёлком. В патриарших окладных книгах за 1628 год упоминается "церковь Воскресения Христова в селе Офонасьеве в слобоцком присёлке". Эта церковь простояла до 1803 года. В том же году, по благословению епископа Владимирского и Суздальского Ксенофонта и на средства прихожан, была возведена существующая ныне каменная церковь Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. В храме, помимо главного престола, находился тёплый придел в трапезной, посвящённый святителю Николаю Мирликийскому Чудотворцу. В 1930-х годах, в советское время, храм был закрыт, а колокольня разрушена. В 1999 году на сельском собрании жители приняли решение о начале восстановления.

В приход храма села Афанасьево входили деревня Новинки, где находилась часовня в честь Архангела Михаила, и деревня Наумово с часовней Казанской иконы Божией Матери. Церковь Иоанна Богослова, построенная из кирпича, выполнена в стиле провинциального классицизма. Колокольня была разрушена в 1964 году. Церковь нуждается в реставрации, но с 1999 года она открыта, и в ней проводятся молебны.