В западной части ограды находится надвратная церковь Иоанна Богослова, возведенная в 1670 году. Под ней расположены Святые ворота, построенные немного раньше, в 1654 году. В 1963 году памятник был отреставрирован А.Д. Варгановым и В.М. Анисимовым. Святые ворота представляют собой уникальный портик с четырьмя арочными пролетами, поддерживаемыми мощными восьмигранными столбами, двумя сводчатыми въездами и двумя входами.

Над воротами, на втором этаже, расположена паперть, охватывающая храм с трех сторон, с поясом ширинок и окнами, украшенными арочными бровками. Пятиглавый храм с широким карнизом и тремя кокошниками на каждом фасаде выглядит несколько скромнее по сравнению с богатой пластикой паперти. Строитель храма был менее искусным мастером, чем суздальские зодчие; его тройные угловые полуколонки превратились в простые толстые столбики, разделенные ромбовидными стойками. Тем не менее, он создал торжественный и красивый центр лицевой стороны ограды и парадный вход в монастырь.

Церковь гармонично сочетается с более поздним собором Михаила Архангела, возможно, собор строили, учитывая облик этой изящной церкви. Тесно расположенные главы на тонких барабанах придают храму дополнительную устремленность ввысь.