В писцовых книгах Суздальского уезда за 1628 и 1630 годы упоминается погост Николая Чудотворца, где находились семь образов на проземни, образ Пречистой Богородицы Одигитрия на золоте, царские двери с сенью и столбцами на прозелени, местный образ Николая Чудотворца и образ всех святых. При церкви служили священник и пономарь, имелись две кельи для нищих, а также пашни и сено. Рядом с погостом находилась деревня Красная. О дальнейшей судьбе церкви, упомянутой в 1628 году, ничего не известно.

Каменный храм, который существует сейчас, был построен в 1801-1804 годах на месте старой деревянной церкви. Строительство началось по указу епископа Владимирской и Суздальской епархии Ксенофонта Троепольского от 23 июля 1801 года по просьбе священника села Красного Стефана Стефанова и дворянина Перфилия Николаевича Бутурлина. Храм возводился купцом Петром Бородулиным на средства прихожан и пожертвования помещика Бутурлина. Церковь была построена через три года, но освящена только 14 июня 1810 года.

23 сентября 1884 года при Свято-Знаменской церкви открыли приходскую школу, где в 1897 году обучалось 62 ученика. Позже, в советское время, на её основе создали общеобразовательное учреждение.

По данным издания «Историко-статистическое описание церквей и приходов Владимирской епархии» на 1898 год, в храме было три престола: главный в честь Знамения Пресвятой Богородицы, в трапезной в честь Святого Николая Чудотворца и святой мученицы Параскевы Пятницы. В приходе числились священник и псаломщик, получавшие до 500 рублей в год. Приход включал село Красное и близлежащие деревни, в которых проживало 530 мужчин и 639 женщин.

Красносельская церковь оставалась действующей даже в советское время. В 1920 году псаломщиком стал Иван Михайлович Блинов, который служил до ареста 21 января 1931 года. Он был обвинён в антисоветской агитации, не признал вину и был сослан на три года в Казахстан, где умер в 1933 году. Блинов был причислен к Собору новомучеников и исповедников Церкви Русской.

С 8 августа 1975 по 27 мая 1977 года в храме служил Вениамин Зарицкий, с ноября 1985 по декабрь 1986 года, Амвросий Юрасов, позже, протоиерей Андрей Манчтет. В настоящее время в церкви служит протоиерей Лев Смирнов. К приходу Знаменского храма, где регулярно проходят богослужения, также относится часовня святой мученицы Параскевы Пятницы в селе Богатищи.