В октябре 1822 года пермский гражданский губернатор Кирилл Яковлевич Тюфяев обратился в Министерство внутренних дел с просьбой разрешить надстроить второй этаж над арестантской казармой тюремного замка в Перми. Это было необходимо, так как старое здание уже не вмещало всех заключенных, число которых постоянно росло. Губернатор планировал разместить на втором этаже не только дополнительные помещения для арестантов, но и лазарет, а также церковь, чтобы заключенные не были лишены духовной поддержки и нравственного наставления. Вместе с докладом в министерство были отправлены план и смета строительства, подготовленные губернским архитектором Васильевым. Получив одобрение от МВД и Святейшего Синода, губернские власти начали реконструкцию тюремного замка. Пермское общество активно участвовало в строительстве тюремной церкви: многие чиновники и заводчики пожертвовали на это несколько тысяч рублей, заводчик Ярцев приобрел в Москве церковные ризы и утварь, а на Суксунском заводе отлили три медных колокола. В 1829 году строительство завершилось, и епископ Пермский и Екатеринбургский Мелетий освятил церковь во имя Божьей Матери "Всех скорбящих радость". Для церкви был назначен постоянный штат, включавший священника и двух причетников, которым выплачивалось жалованье от Пермского тюремного комитета.

В 1878 году, во время реконструкции тюремного замка, церковь была перестроена при содействии церковного старосты, почетного гражданина Петра Георгиевича Шавкунова. Церковь при губернской тюрьме функционировала до 1918 года. Декретом СНК "Об отделении церкви от государства и школы от церкви" было запрещено проводить религиозные обряды и размещать религиозные изображения в государственных и общественных помещениях. В мае 1918 года настоятель Богородице-Скорбященской церкви, протоиерей Андрей Знаменский, получил уведомление от Пермской губернской тюремной инспекции о том, что все духовные лица, служившие в тюремном ведомстве, увольняются. Штат тюремной церкви был распущен, и выплата жалованья прекращена, хотя священнику было разрешено продолжать богослужения за вознаграждение по договоренности с тюремным ведомством, при условии содержания церкви на собственные средства. В советское время тюрьма в Разгуляе и церковь при ней были капитально перестроены. Сейчас в здании бывшей губернской тюрьмы находится следственный изолятор.