В 1848 году, в память об избавлении жителей Козлова от холеры, горожане решили возвести храм в честь Боголюбской иконы Богоматери и основать при нём женскую иноческую общину. В 1850 году они обратились в Святейший Синод с просьбой об открытии Боголюбской женской общины, и спустя восемь лет их ходатайство было удовлетворено. Хотя разрешение на строительство монастыря было получено в 1858 году, работы начались только в 1867 году. Задержка была вызвана сильным пожаром в Козлове в 1865 году, который уничтожил две трети города. В огне сгорел общежительный дом при Ильинской церкви вместе с имуществом послушниц, и три из них погибли. Однако это испытание не сломило веру богомолок в скорое строительство монастыря. Сёстры, находившиеся в разных местах, продолжали молиться и надеяться на создание своего нового приюта. Их надежды оправдались благодаря помощи козловского благотворителя и купца Фёдора Воронова, который за два года на свои средства построил каменные келейные корпуса с домовой церковью. К осени 1869 года строительство было завершено, и вокруг обители возвели кирпичную ограду с двумя святыми вратами и угловыми башнями. В начале декабря 1869 года сёстры переселились в новую общину.