В Бирске, столице уезда, было принято решение построить храм для просвещения местных народов. В этом храме, помимо богослужений на церковно-славянском, планировалось проводить некоторые части службы на черемисском, марийском и татарском языках. В 1894 году был создан строительный комитет и начат сбор пожертвований. Первыми пожертвования сделали бирские купцы Н.С. Капустин и С.М. Белов. Среди инициаторов строительства были инспектор школы Николай Павлович Вешневский и священник Александр Федорович Михайлов. Летом 1895 года началось строительство храма, и к осени 1898 года работы были завершены. Для церкви изготовили оригинальный крест из граненых стеклянных квадратиков в золоченой оправе, который 6 сентября 1898 года подняли на главный купол. Храм освятили 4 апреля 1899 года в честь Казанских святителей XVI века Гурия, Варсонофия и Германа, известных как просветители местных народов бывшего Казанского ханства. Поэтому церковь получила второе название, «инородческая», хотя в чистом виде таковой не была. Храм, расположенный во дворе Бирской инородческой учительской школы, был доступен для всех учащихся города.

Церковь находится на южной стороне Соборной площади, в ста метрах от Троицкого собора. Это единственный в Башкирии памятник, ориентированный на средневековую византийскую традицию. Центрическая крестово-купольная композиция включает элементы базиликальности. Над средокрестием возвышается восьмигранный барабан с куполом. Рукава креста покрыты двускатной крышей, угловые части, односкатной. С западной стороны к квадратному храму примыкает короткий нартекс, а с восточной, узкая алтарная апсида. Высота объемов постепенно увеличивается к центру, что удачно подчеркнуто силуэтами скатных кровель. Их графичные очертания подводят взгляд к куполу, в котором преобладают лекальные и полуциркульные формы. Входы в здание расположены с трех сторон, кроме восточной, по оси ризалитов. На северном и южном фасадах над входами находится аркада из трех окон, среднее из которых выше боковых. Первоначально стены были неоштукатурены и окрашены в розовый цвет, угловые лопатки и карнизы побелены. Сейчас церковь утратила эту отделку и напоминает постройки в кирпичном стиле. Выразительны горизонтали ленточной рустовки на фасадах. Шесть крещатых столпов делят внутреннее пространство на три нефа. Отопление было устроено с помощью духовой печи в подвале, обогревающей здание теплым воздухом через воздушные колодцы. Полы выложены брусчаткой и плитами.

С приходом советской власти церковь закрыли одной из первых в уезде. Снесли небольшую кирпичную звонницу, стоявшую к северо-западу от храма. Здание использовали как комсомольский клуб, ресторан, музей, склады, а в послевоенные годы, электростанцию. С 1984-1985 годов началась реставрация церкви с целью создания краеведческого музея, но проект не реализовали, и в 2004 году музей разместили в соседнем деревянном здании бывшей инородческой школы. Около 1994 года храм вернули Уфимской епархии. В 2002 году построили новую кирпичную звонницу, немного восточнее прежней, так как по фундаменту старой прошла теплотрасса. 17 января 2003 года на звонницу установили крест. В начале 2002 года при церкви начала работать воскресная школа благодаря усилиям настоятеля о. Дионисия Долженко.