История Мушковайского храма берет свое начало в 1862 году, когда крестьяне из села Мушковай начали переписку с Вятским губернским правлением с целью открытия нового прихода и строительства церкви. В Государственном архиве Удмуртской Республики хранится документ, в котором говорится, что приход села Мушковай был открыт по решению Вятского епархиального начальства 31 августа и 4 сентября 1871 года. В его состав вошли селения, ранее принадлежавшие приходу села Мултан: село Мушковай, поселки Новый Мушковай, Каркалай, Тыловай, Жаль-Ошмес, Ошмесвай, деревня Итцы-Увамья, поселки Чекан, Тыловай и Кынсовай. Сначала был построен молитвенный дом, а в 1872 году возведена церковь, освященная 11 ноября 1872 года в честь Великомученика Димитрия. Первоначально церковь была приписана к Мултанской церкви, но с 1873 года стала самостоятельной.

Жители села вложили много усилий в строительство храма, помогая кто чем мог. В 1872 году церковь была завершена и освящена в честь Святого Великомученика Димитрия Солунского, одного из почитаемых на Руси святых. Первым священником стал Иоанн Васнецов, а псаломщиком, Петр Попов. Внутреннее убранство церкви отличалось высоким потолком и большими окнами, а купол был расписан масляными красками. Престольный праздник отмечался 8 ноября, а вся неделя называлась Димитриевской.

19 октября 1874 года при храме открыли церковно-приходскую школу. Храм долгое время играл важную роль в жизни прихожан. Однако с приходом к власти большевиков начались серьезные изменения. Весной 1922 года у церкви изъяли ризы, венцы, оклады с Евангелия, серебряные чаши, кресты и подсвечники, которые передали в областной финотдел. В 1939 году распался церковно-приходской совет, а в начале 1941 года состоялись собрания о закрытии храма.

Димитриевская церковь была закрыта по Указу Верховного Совета УАССР от 3 сентября 1941 года. Во время войны здание использовали как зернохранилище, а после войны оно стало клубом. В 1999 году из-за аварийного состояния здание закрыли и впоследствии разобрали. Пять лет место оставалось пустым.

В 2006 году состоялось освящение места для строительства нового храма, проект которого разработал петербургский архитектор И.Г. Носков. Строительство велось на пожертвования Д.В. Варганова, а священником был назначен отец Сергий. Уже в 2007 году была возведена новая церковь, освященная в престольный праздник. В 2009 году Митрополит Ижевский и Удмуртский Николай провел чин полного освящения храма. В настоящее время в Мушковайском храме служит иеромонах Серафим Зайцев.