Существует предание о начале церкви и села, описанное в рукописном житии Святителя Иоанна, Суздальского чудотворца. Соборные священнослужители, недовольные епископом Иоанном из-за его частых наказаний за их проступки, уговорили перводиакона Елевферия распространить слухи о неподобающем поведении архиерея. Елевферий согласился, и вскоре по городу распространилась дурная молва об Иоанне. Жители Суздаля возмутились и выгнали своего архипастыря из города с позором. Святитель молча и великодушно перенёс это. Покинув город, он остановился на открытом месте, обратился к востоку, преклонил колени и помолился, прося Господа простить его врагов. Как только он закончил молитву, его враги ослепли. Увидев это, суздальцы упали на землю и со слезами просили прощения и благословения у святителя. Иоанн простил их и благословил, а также помолился за своих врагов, которые прозрели и пообещали исправиться.

Это событие произошло 19 сентября, в день Чуда Архистратига Михаила в Хонех. По благословению святителя, на месте чуда был построен деревянный храм в честь Архистратига Михаила, а образовавшееся село названо Иванским в честь святителя. Оно оставалось вотчиной Архиерейского дома до 1764 года. В 1755-1760 годах митрополит Сильверст построил на месте деревянной каменную церковь с приделом в честь святителей Иоанна и Феодора Суздальских чудотворцев. Колокольня была каменной, с колоколом с латинской надписью.

Причт состоял из священника и псаломщика. При церкви было 34 десятины земли. Доход причта составлял до 500 рублей в год. Священник жил в Суздале, а псаломщик снимал квартиру.

Приход включал одно село с 76 дворами и 422 жителями. 28 августа 1913 года священники из сел Иванского и Нил были перемещены на места друг друга.

В советское время храм был закрыт, колокольня разрушена, а здание использовалось как зернохранилище и клуб. В 80-е годы храм частично восстановили. С конца 80-х до 2010 года он принадлежал Русской Православной Автономной Церкви. В 2010 году храм передали Владимиро-Суздальской епархии РПЦ. Настоятелем стал священник Леонид Перебаев, чтобы возобновить богослужения. 26 января 2013 года храм был освящён архиепископом Евлогием в честь Чуда Архистратига Михаила. Престольный праздник отмечается 19 сентября, и с этого времени в храме регулярно проходят богослужения.