Село Чёлмужи, расположенное на восточном берегу Повенецкого залива Онежского озера в Заонежье, известно своей церковью Богоявления. Эта церковь, возвышающаяся на берегу более четырех веков, видна издалека с водной глади озера.

Церковь прошла через пять этапов строительства. В 1577 году был возведен клетский храм, что подтверждает дата на деревянном кресте внутри. В дальнейшем на судьбу церкви повлияли события, связанные с династией Романовых. Согласно преданию, в 1605 году церковь была перестроена на средства княгини Ксении Ивановны Романовой после её освобождения из заточения, когда она стала инокиней Марфой, матерью будущего царя Михаила. В прошлом в церкви хранилась родовая икона дома Романовых, икона Божьей Матери, подаренная царем Михаилом Федоровичем Романовым.

В конце XVIII века церковь была реконструирована: добавили трапезную, над сенями возвели шатровую колокольню, расширили оконные и дверные проемы. Вход переместили с западного торца на северную сторону сеней, а на месте старого крыльца построили галерею. В трапезной, отапливаемой печами, был устроен второй придел. После этого долгое время серьезных ремонтов не проводилось, лишь в 1844 году стены обшили тесом.

Связь истории церкви с именем Марфы Романовой способствовала тому, что к трехсотлетию дома Романовых в начале XX века были проведены ремонтные и реставрационные работы: заложен фундамент, заменены сгнившие части трапезной и сеней, перебраны полы, отремонтированы потолки и крыши, заново обшиты стены и восстановлено крыльцо.

Во время Великой Отечественной войны фронт проходил рядом с селом Чёлмужи. Поскольку церковь служила ориентиром для вражеской артиллерии, было решено разобрать шатер и колокольню. После войны, в 1950-х годах, церковь восстановили.

Богоявленская церковь, одна из старейших в Заонежье и представляет собой переходный тип от клетских к шатровым культовым зданиям.

В 2007 году была проведена реставрация с частичной заменой обшивки и переборкой крыльца.