В 1867 году для проживания святителя Феофана над каменным просфорным корпусом была сделана деревянная надстройка, которую вскоре облицевали кирпичом и оштукатурили. В келиях святителя находилась обширная библиотека, но обстановка была весьма скромной: деревянные стены, простая, частично самодельная мебель, ящики с инструментами, краски и кисти, иконы, многие из которых создал сам святитель Феофан Затворник. Чтобы полностью уединиться, в 1872 году владыка обустроил в своих келиях домовую церковь в честь Богоявления. Всё в ней, от престола и жертвенника до икон и иконостаса, было изготовлено и расписано руками самого святителя. В этой церкви Феофан проводил утреню и литургию, обычно молча, но иногда пел и читал. После его смерти богослужения в Богоявленской церкви проводились только при посещении Вышенской обители высокопоставленными гостями. В период гонений на церковь в корпусе, где были келии святителя и домовая церковь, сначала разместили отделение для буйных пациентов психиатрической больницы, а затем, отделение для туберкулёзных больных. В результате от внутреннего убранства и предметов обстановки ничего не сохранилось. Сейчас, благодаря трудам сестёр обители, Феофановский корпус был отреставрирован, а обстановка келий и домовой Богоявленской церкви воссоздана.