Церковь Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских, расположена между Большим Афанасьевским и Филипповским переулками, занимая всю ширину квартала. В настоящее время она отделена от Сивцева Вражка домом, построенным на церковной земле в 1914 году по проекту М. Д. Холмогорова.

Переулок Сивцев Вражек проходит по руслу старинной речки Сивки, которая впадала в бурный ручей Черторый, протекавший вдоль Пречистенского (Гоголевского) бульвара. На холме над Сивкой была возведена деревянная церковь, время основания которой остаётся неизвестным. В приходно-расходных книгах Патриаршего приказа за 1631 год церковь Афанасия и Кирилла упоминается как новоприбылая, то есть недавно построенная. В XVII веке её прихожанами были москвичи, обслуживающие царский двор, и в приходе насчитывалось около 30 дворов.

Каменная церковь Афанасия и Кирилла с Никольским приделом была построена и отделана к 1710 году. В XVIII веке её прихожанами были в основном дворяне, включая представителей известных в истории России фамилий.

В 1812 году, во время пожара, приход церкви Афанасия и Кирилла выгорел, и сама церковь пострадала. Богослужения возобновились в 1815 году.

В 1836 году было решено построить новый храм вместо старого, обветшавшего и пострадавшего от пожара. Работы продолжались долго и завершились только в 1856 году. Возможно, при строительстве использовали части стен старой церкви. Финансировал строительство купец К. С. Бубнов, который настоял на освящении главного престола во имя Воскресения Словущего, в память Обновления храма Воскресения в Иерусалиме. Приделы церкви были освящены во имя святых Афанасия и Кирилла и св. Николая. Архитектура храма отличается гармоничностью пропорций, создавая атмосферу умиротворения и сосредоточенности.

Службы в церкви Афанасия и Кирилла прекратились в 1932 году, и здание Филипповского двора заняли новые владельцы. В храме размещались различные учреждения, включая заводской цех, и отделка интерьера, иконостасы были уничтожены. Церковь вернули верующим в 1993 году, и тогда же в неё вернулась храмовая икона Афанасия и Кирилла, которая хранилась в соседней церкви апостола Филиппа в Филипповском переулке.