В 1999 году был объявлен конкурс на проект часовни-памятника, который проходил в два этапа. В нем участвовало десять проектов, и победителем стала работа архитектора Г. И. Виноградова при участии А. Порозова.

Изначально планировалось разместить часовню на небольшой треугольной площадке между улицами Маяковского и Бурмагиных и рекой Вологдой. Однако позже было решено перенести ее ближе к Софийскому собору, на участок между парком ВРЗ и рекой Вологдой.

Закладка часовни состоялась 7 января 2001 года, в день Рождества Христова.

Архитектура часовни напоминает древнерусское зодчество XIV-XV веков, что делает ее похожей на расположенную рядом Софию. Часовня имеет три открытые стены, а на четвертой находится мозаичное изображение Владимирской Божией Матери с младенцем, выполненное художником Владимирским. Вход в часовню закрыт коваными решетками, созданными по эскизам архитектора А. В. Борисовского, который также разработал эскиз креста, выполненного методом горячей ковки с элементами выколотки и декоративной чеканки. Территория вокруг часовни благоустроена.

Строительство часовни осуществлялось на пожертвования жителей Вологды, предприятий и организаций, а также приходов храмов Вологодской епархии. Освящение часовни состоялось 7 июля 2002 года при большом скоплении людей. В нише бетонной скамейки, закрытой информационной табличкой, на вечное хранение помещена металлическая капсула со списком фамилий всех жертвователей.

Часовня приписана к Покровскому Архиерейскому подворью, и службы проводятся по праздничным дням на площадке возле часовни-памятника.