В начале XIX века началось создание ботанического музея Казанского университета, основой которого стал гербарий, собранный из разных уголков мира. В XX веке, после реорганизации университетских музеев в 1991 году, часть коллекций была выделена из кафедры ботаники и включена в зоологический музей как ботанический отдел. С 1997 года эти коллекции стали частью фондов Ботанического музея на базе кафедры ботаники, ныне входящей в институт фундаментальной медицины и биологии Казанского университета.

Гербарии имеют огромное значение как исторические архивы и собрания систематических стандартов, которые незаменимы в генетике, систематике, флористике и экологии. Поэтому коллекция Ботанического музея имеет важное значение не только для университета, но и для всего ботанического сообщества России. Многие ученые из разных уголков страны приезжают в музей для изучения его материалов. Со временем ценность образцов только возрастает, так как они становятся невосполнимыми из-за утраты местонахождения, неразборчивых подписей в полевых условиях или изменений в экологии. В музее регулярно проводится инвентаризация и пополнение коллекций. Также здесь устраиваются экскурсии для студентов и школьников Казани. Однако в настоящее время экспозиция в музее отсутствует, и информацию о коллекции можно получить только от сотрудников музея.

На основе материалов гербария были изданы определители лишайников, листостебельных мхов и сосудистых растений, произрастающих на территории Республики Татарстан. Коллекции гербария также используются при составлении «Красной книги Республики Татарстан».