Двухэтажное кирпичное здание богадельни является частью комплекса храма Святой Екатерины на Всполье. История этого комплекса начинается в XVI веке. На землях Екатерининской белильной слободы, основанной царицей Анастасией Романовной, первой женой Ивана Грозного, была построена деревянная церковь в честь святой Екатерины Великомученицы, к которой обращались с молитвами об облегчении родов и защите детей.

Церковь документально известна с 1612 года. В литературе упоминается, что она была возведена на месте сражения русских войск с польско-литовскими. После поражения у Климентовского острожка гетман Хоткевич перевел свои войска сюда, устроив укрепление. Сражение завершилось победой русских, и, вероятно, в честь этой победы в середине XVII века храм был перестроен в камне. В конце века его снова обновили.

Современный каменный храм связывают с императрицей Екатериной II. Он был построен по ее указу на государственные средства в память о коронации в Москве. Икону Святой Екатерины украшала драгоценная риза с вензелем императрицы, пожертвованная ею. Проект храма был заказан архитектору К.И. Бланку. Новая церковь выполнена в стиле барокко. Все иконы в иконостасе были написаны известным художником Д.Г. Левицким совместно с В.И. Василевским. К. Бланк создал композицию из двух храмов: летнего и зимнего, соединенных двухъярусной колокольней, нижний ярус которой служил притвором летнего Екатерининского храма.

Екатерининская церковь является редким для Москвы памятником позднего барокко. Уникальная ограда по Большой Ордынке и Погорельскому переулку была установлена в 1769 году по проекту К.И. Бланка. Для нее использовали кованные звенья, выполненные в 1731 году для ограждения Соборной площади Кремля. В 1740-х годах решетку в Кремле разобрали, а в 1769 году по распоряжению императрицы ее использовали для этого храма. До 1920-х годов центральные прутья венчали российские гербы, а пилоны ворот украшали белокаменные орлы. В 1879-1880 годах архитектор Д.И. Певницкий построил каменную двухэтажную богадельню вместо деревянной на углу Погорельского и Щетининского переулков.

В 1931 году храм был закрыт. Икона святой Екатерины была перенесена в церковь Воскресения в Монетчиках, а после ее сноса, в храм Флора и Лавра на Зацепе. Последний также был закрыт, и судьба иконы неизвестна. После закрытия храма святой Екатерины колокольня была разрушена до первого яруса, главы разобраны. Зимний Спасский храм использовали как жилье, а летний Екатерининский, как контору. Позже здание церкви заняло Центральное проектно-конструкторское бюро приборостроения, а в богадельне сделали коммунальные квартиры.

В 1970-х годах комплекс храма и богадельни занял Всесоюзный художественный реставрационный центр имени Грабаря, который начал его реставрацию. В 1992 году храм частично вернули верующим. В 1994 году решением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II храм стал представительством Православной Церкви в Америке при Московском Патриархате.