Идея создания музея народной культуры в Белгородской области, известной своими песенными и фольклорными традициями и сохранившей образцы традиционной одежды, принадлежит Андрею Владимировичу Кулабухову, который более 20 лет руководил управлением культуры области.

В апреле 1997 года по предложению управления культуры администрации области был сформирован коллектив для создания нового музея, Музея народной культуры Белгородского центра народного творчества. Для этого в мае 1996 года было выделено здание бывшего клуба «Строитель».

Помещение находилось в запустении и требовало значительных вложений для реконструкции. Для оплаты ремонтных работ и создания экспозиции использовались все доступные на тот момент финансовые инструменты: взаимозачёты, векселя и поддержка местных жителей.

Параллельно с реконструкцией здания велась активная научная и исследовательская работа. Коллекции традиционной крестьянской одежды, собранные Белгородским государственным центром народного творчества, были недостаточны для полноценной экспозиции. Требовались экспонаты, которые отражали бы всю историю народной культуры. Администрация области выделила средства на командировки и экспедиции для закупки как старинных предметов, так и произведений современных мастеров декоративно-прикладного искусства.

Первым директором музея стала Надежда Ивановна Шатерникова, Заслуженный работник культуры. В 1998 году для оформления экспозиции были привлечены московские художники-дизайнеры, которые вместе с научными сотрудниками музея завершили работы в рекордные сроки, трудясь по 20 часов в сутки.

Торжественное открытие музея состоялось 29 мая 1999 года. В последующие годы активно велась работа по пополнению коллекции предметов народной культуры, и теперь фонд насчитывает более 23 тысяч единиц.

19 ноября 2004 года постановлением правительства Белгородской области было принято решение о создании Белгородского государственного музея народной культуры.

В 2010 году музей получил в оперативное управление новое здание, памятник архитектуры на Гражданском проспекте, 61. В 2015 году по решению Губернатора Белгородской области начались работы по его восстановлению.

История этого здания тесно связана с культурой и искусством. Здесь располагались один из первых синематографов «Орион», городской театр, культпросветучилище и художественный музей. Зал помнит первые сеансы кинематографа, гимназические балы, благотворительные вечера и революционно-агитационные постановки. Здесь выступали великие русские актеры Игорь Ильинский, Вера Марецкая, Рина Зелёная, Алла Тарасова, Клавдия Шульженко и другие.

В январе 2015 года директором музея стала Елена Викторовна Спиридонова, с приходом которой начался новый этап в жизни учреждения. Предстояла работа по созданию экспозиции в новом здании. Для разработки художественного проекта были приглашены художники из Санкт-Петербурга Олег Николаев и Мария Коростелева. Проект, выполненный бюро «АртТерра», был утвержден в 2016 году, и началась кропотливая работа по монтажу экспозиции на двух этажах здания.

Параллельно велась работа по переезду музея в новое здание. Сначала перемещались фонды музея, а затем и сотрудники начали осваивать новые территории.

Из-за особенностей расположения экспозиции открытие проходило в два этапа. В декабре 2018 года был открыт третий этаж с разделами «Улица уездного города» и «Дом в старом Белгороде». В 2019 году состоялась презентация новой экспозиции «Мир народной культуры» на втором этаже.