Художественный музей в Уфе был открыт в 1920 году и разместился в особняке, принадлежавшем уфимскому купцу М. А. Лаптеву. Здание для него спроектировал известный самарский архитектор А. Щербачев. Основателем и вдохновителем создания музея стал известный русский художник Михаил Васильевич Нестеров, который долго вынашивал идею его создания. Он даже планировал выделить для строительства землю своей усадьбы, находившейся рядом с Дворянским собранием, но Октябрьская революция внесла свои коррективы. В итоге музей разместился в особняке Лаптева, где ранее находился штаб Красной Армии.

Еще до открытия музея Михаил Нестеров подарил ему свою коллекцию, включавшую более 100 картин, среди которых были работы других известных художников. В середине века музей был назван в честь Нестерова за его значительный вклад в культурное развитие Уфы.

Сегодня музей носит название Башкирский государственный художественный музей им. М.В. Нестерова. Его коллекции пополнялись картинами из других культурных учреждений, таких как Русский музей в Ленинграде и московская Третьяковская галерея, а также из частных собраний.

В музее представлены не только картины, но и образцы декоративно-прикладного искусства. Здесь можно увидеть работы русских художников XIX и начала XX веков, а также произведения современных башкирских мастеров. Коллекция включает как малоизвестные произведения, так и работы, знакомые многим любителям живописи.

В музее хранится более 12 000 экспонатов. Значительную часть коллекции составляют старинные иконы, первые рукописные книги и элементы декоративно-прикладного искусства. Западноевропейское искусство XV и XIX веков представлено картинами итальянских и немецких художников, европейской гравюрой и скульптурой. Основу коллекции составляют полотна русских живописцев XVIII и XX веков, а также работы самого Нестерова и других известных художников, таких как Айвазовский, Суриков, Шишкин и Левитан.

В 2014 году, в связи с расширением коллекции, музей переехал в новое пятиэтажное здание. В старом особняке осталась экспозиция классического искусства, а в новом здании проводятся выставки. Филиалы музея находятся и в других городах Башкортостана. Музей активно участвует в международных выставках и принимает у себя коллекции мастеров из Китая, Германии и Италии.

В музее проводятся разнообразные мероприятия: открытие новых выставок, творческие мастер-классы, в том числе для детей, образовательные программы по рисованию, а также художественно-музыкальные программы для самых маленьких. Реализуется социальный проект «Доступная среда». Практически каждый день здесь проходят интересные события. Музей открыт для посещения каждый день, кроме понедельника.