Эта часть района Сокольники, расположенная между рекой Яузой и современной улицей Короленко (ранее Ермаковской), когда-то принадлежала царскому Преображенскому дворцу, возведенному для царя Алексея Михайловича в 1660-х годах. Дворец и все его постройки были деревянными, включая церковь Воскресения Христова, построенную в 1671 году. Дворец просуществовал до 1740 года, когда его разобрали из-за ветхости, а церковь была перестроена и стояла до 1789 года. После сноса церкви территория бывшего дворца была продана частным владельцам. Центральную часть, между улицей Короленко и Колодезным переулком, купил купец Чороков для ситцевой фабрики. В 1860-х годах владение перешло к купцам Борисовским, которые основали здесь небольшой сахарный завод.

В 1897 году это владение с постройками приобрела Московская городская управа. На части, выходящей на Ермаковскую улицу, разместилось Коронационное убежище для неизлечимых больных, а на месте завода, Сокольническое отделение Московского городского Работного дома. Заводские корпуса были перестроены для жилых нужд, больницы, богадельни и мастерских.

Московский Работный дом, существовавший с 1777 года, служил приютом для нищих, пьяниц и бедняков, которые получали работу, жилье и питание. Здесь также была богадельня для нетрудоспособных и детское отделение, позже открыли детский приют имени доктора Гааза. В 1903 году Работный дом разделили на два учреждения: Работный дом для доставленных полицией и Дом трудолюбия для добровольно пришедших. Проживающие работали в различных мастерских и занимались неквалифицированным трудом. Работный дом финансировался московскими властями и частными пожертвованиями.

В 1910-е годы было решено построить для Работного дома церковь, средства на которую пожертвовала вдова фабриканта Ольга Титова. Проект поручили архитектору Николаю Львовичу Шевякову, который создал храм в стиле неорусского модерна. В оформлении фасадов использовались элементы псковско-новгородской и византийской архитектуры, а главный портал украшала фреска. Купол храма был выполнен из бетона. Строительство Церкви Рождества Иоанна Предтечи завершили к 1917 году, главный престол освятили 15 января, а придел святого апостола Матфея, 10 июня 1917 года. Эта церковь считается последней, построенной и освященной в Москве до Октябрьской революции 1917 года.

В 1930-е годы в зданиях упраздненного Работного дома разместился электромеханический завод (позже МЭЗ №1), и все строения, включая церковь, были приспособлены под заводские нужды. Церковь лишилась купола и была окружена пристройками, а внутреннее убранство уничтожено.

В конце 2000-х годов здание церкви вернули верующим, и здесь разместилось Патриаршее подворье Храма Рождества Иоанна Предтечи в Сокольниках. Ему также передали два здания бывшего Работного дома. В настоящее время ведется реставрация храма и обоих строений.