Музей располагает 17172 уникальными экспонатами, связанными с историей региона, этнографией и археологией. Основной фонд насчитывает 14383 предмета. Среди наиболее ценных коллекций музея в Алейске выделяются живописные работы местных художников, нумизматика, этнографические экспонаты, а также уникальная коллекция камней и минералов.

Музей был основан в 1982 году по инициативе жителей города. За годы работы он стал значимым культурным центром. В сентябре 1999 года музей обрел постоянное место в здании бывшего Госбанка, где во время Великой Отечественной войны располагался Харьковский эвакогоспиталь. Экспозиции музея охватывают историю города от первых поселений до наших дней, рассказывают о природных ресурсах, развитии железной дороги, истории местных предприятий и учреждений, а также о развитии православия и культурных традициях народов России, таких как русские, немцы, украинцы, белорусы, узбеки и другие.