Mikhail Mikhailovich Ustinov était issu d'une noble lignée aristocratique, fondée par le marchand saratovien Mikhail Andrianovich Ustinov (1755, 1836) et était un descendant de son fils cadet, Mikhail Grigorievich. Le père de Mikhail, après avoir été libéré de l'armée en 1857 pour des raisons de santé, a longtemps vécu à l'étranger. Sa mère, française, est décédée peu après la naissance des enfants (selon différentes sources, en 1860 ou 1862). Mikhail avait une sœur jumelle, Lydia.

À l'âge de quinze ans, Mikhail a été envoyé au Corps des cadets de la marine de Saint-Pétersbourg, qu'il a terminé en 1882, commençant son service dans la flotte balte. En 1890, il a rejoint le ministère des Affaires étrangères et en 1893, il a reçu sa première affectation à l'étranger en tant que vice-consul dans la ville japonaise de Hakodate. En 1898, il occupait déjà le poste de consul russe à Nagasaki, et en 1899, à Hong Kong. En 1903, Ustinov a été nommé à Melbourne, où il est devenu le premier consul général de l'Empire russe en Australie et en Nouvelle-Zélande après la transformation du consulat en général.

Pendant son service à Melbourne, la guerre russo-japonaise a éclaté et l'incident de Hull s'est produit, exacerbant des relations déjà tendues entre la Russie et l'Angleterre. Fin octobre 1904, les navires de l'escadre russe sous le commandement du vice-amiral Z. P. Rozhestvensky ont tiré sur des bateaux de pêche anglais en mer du Nord, près de Hull, les prenant pour des destroyers japonais. Mikhail Ustinov écrivait : « …le dernier incident malheureux en mer du Nord a complètement obscurci tout sens de mesure, et les commentaires des journaux, si cela est possible, sont devenus encore plus venimeux… Notre armée et notre flotte sont la cible de toutes sortes de calomnies, en un mot, tout est fait pour discréditer la Russie ». L'une de ses principales tâches durant cette période était de suivre l'envoi de cargaisons stratégiques depuis les ports australiens. Son service de trois ans en Australie s'est terminé en mai 1906.

Après cela, Ustinov a travaillé comme consul à Lisbonne, puis à Montréal, et en septembre 1913, il a été transféré à un poste similaire à New York. Après 1917, certains consuls russes aux États-Unis et au Canada sont restés fidèles au tsar, y compris Ustinov, qui est devenu le bras droit du nouvel ambassadeur du gouvernement provisoire aux États-Unis, B. A. Bakmetev.

En juillet 1929, Mikhail Ustinov a informé le Département d'État de son départ des États-Unis pour l'Europe, probablement pour Paris, où vivait son petit-fils Adrian Platonovich Ustinov. Mikhail Mikhailovich Ustinov est décédé le 5 mai 1942 dans la ville de Waterloo.