En 1804, le métropolite Gabriel, alors à Odessa, a rencontré le noble moldave Alexandre Teutul, dont les terres, composées de deux parcelles de 25 dessiatines, se trouvaient au bord de la mer dans la région de Bolshoy Fontan. Alexandre Teutul a exprimé à plusieurs reprises au métropolite son désir de construire une église et un phare. En 1814, il a remis au métropolite Gabriel un document écrit sur la donation de son domaine de Fontan à la métropole de Chișinău. L'histoire de ce don généreux est pleine de tragédie. Un soir, Teutul a allumé des feux sur la haute côte de la mer. Un navire grec, se dirigeant vers Odessa, a pris les lumières pour un phare, s'est égaré et a fait naufrage, entraînant la mort de plusieurs personnes. Ébranlé par ce qui s'était passé, Teutul, voyant cela comme un lien avec une promesse non tenue, a secouru les marins survivants et a donné son domaine à l'Église pour la construction d'un temple et d'un phare, afin d'éviter de telles tragédies. Le métropolite Gabriel s'est adressé au gouverneur d'Odessa, le duc de Richelieu, et bientôt une autorisation a été obtenue pour formaliser l'acte de propriété sur la terre donnée.

En 1837, le monastère possédait plus de 158 dessiatines de terre, soit 173 hectares. Dans la seconde moitié du XIXe siècle, ses terres ont augmenté, atteignant 356 dessiatines, soit presque 390 hectares en 1910. Actuellement, le monastère ne possède qu'un peu plus de 6 hectares de terre. Pendant la guerre de Crimée de 1853-1856, la communauté du monastère de l'Assomption d'Odessa priait pour la protection contre "l'invasion des étrangers", pour la paix, la préservation de la foi orthodoxe et le salut des âmes.

Au XIXe siècle, Odessa est devenue une grande ville, en partie parce qu'elle était un point de passage pour les pèlerins se rendant vers l'Est orthodoxe : en Terre Sainte et sur le Mont Athos. Odessa était appelée "les portes de Jérusalem", et y étaient situées des dépendances des monastères athonites : Pantéléimon, André et Élie. Grâce à cela, le monastère de l'Assomption d'Odessa avait une grande importance pour les pèlerins orthodoxes, pour la vie de la ville et pour tout le sud de la Russie, exerçant une influence bénéfique sur le développement spirituel et culturel de la région de la mer Noire.

Jusqu'en 1922, la vie monastique au monastère de l'Assomption d'Odessa a continué. Après la fermeture du monastère en 1922, les moines ont été dispersés à travers la Russie. En 1944, sa renaissance a commencé. En 1946, le monastère a été visité par Sa Sainteté le Patriarche de Moscou et de toute la Russie Alexis I, et depuis lors, une résidence d'été du Patriarche a été établie ici, qui a commencé à venir chaque année au monastère. En raison de cela, le monastère a commencé à être appelé patriarcal.

En 1988, lors du 1000e anniversaire du baptême de la Russie, un dôme en forme de casque a été installé au-dessus de l'église Saint-Nicolas et le clocher a été reconstruit.

Le véritable essor du monastère a eu lieu sous le métropolite Agafangel, qui a travaillé activement à l'embellissement du monastère. Sous sa direction, une nouvelle cathédrale a été construite en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu "Source de Vie" et un clocher avec une église en l'honneur des saints princes Boris et Gleb, devenant un chef-d'œuvre de l'architecture odessite.

En 1964, un ancien moine athonite, le célèbre vieillard schiigoumène Kuksha Velichko, connu pour ses exploits de foi et son don de clairvoyance, est décédé au monastère.

En 2006, une chapelle en bois a été construite au cimetière du monastère en l'honneur des saintes martyres Foi, Espérance, Charité et de leur mère Sophie, où l'on lit maintenant la psalmodie ininterrompue pour les vivants et les morts.