L'histoire de la cathédrale de la Sainte Trinité commence avec la visite de la famille impériale à Ekaterinodar à la fin du XIXe siècle. En 1888, un train transportant des membres de la famille impériale a eu un accident, mais heureusement, il n'y a pas eu de victimes, seulement quelques serviteurs et demoiselles d'honneur ont subi des blessures légères.

En 1889, après un service dans la cathédrale Alexandre-Nevski, l'administration municipale a décidé de construire un temple avec sept autels dans le 113e quartier de la deuxième partie de la ville. Les représentants de l'administration, y compris V. S. Klimov et le chef A. Erokhin, ont envoyé un télégramme à Sa Majesté, exprimant leurs sentiments de loyauté et annonçant leur intention d'immortaliser le salut de la famille impériale par la construction d'un temple en l'honneur des saints patrons de la famille royale.

Le 6 novembre 1887, une haute gratitude a été reçue. Peu après, le 20 avril 1896, la veuve du fonctionnaire Yefrosinya Abramovna Shcherbinina a proposé un terrain pour la construction de l'église et a fait un don de 2000 roubles, demandant en échange une petite pension et une maison. La Douma a accepté sa proposition, et le 3 octobre 1899, la pose de la première pierre a eu lieu. L'architecte I. K. Malgerb a présenté le projet de la cathédrale, conçu pour 1000 personnes.

Depuis 1902, une maison de prière a commencé à fonctionner sur le site de la future église, où le père Vasily Biryukov officiait. En 1902 et 1903, des travaux de construction de la cloche et du toit ont été réalisés.

Le 29 juin 1904, les croix ont été élevées sur les dômes, et l'autel de l'église inférieure a été consacré en l'honneur du saint Seraphim de Sarov. Dans l'église, des autels étaient prévus : le central, au nom de la Sainte Trinité, le droit, au nom de Saint Basile le Grand, et le gauche, au nom de Sainte Yefrosiniya. Plus tard, l'autel de Sainte Yefrosiniya a été déplacé dans l'église inférieure, et le gauche a pris le nom du saint Seraphim de Sarov. La construction a été suspendue de 1905 à 1907 en raison d'un manque de fonds et d'humidité qui endommageait les icônes. La Douma municipale a alloué 15 000 roubles pour l'iconostase, concluant un contrat avec le maître Strelykov et l'artiste Safonov. Tous les travaux ont été achevés à la fin de 1909, et le 7 juin 1910, l'église a été solennellement consacrée. En 1911 et 1912, des réparations ont été effectuées dans l'église inférieure, qui a été consacrée le 1er novembre 1912. Sur le territoire de l'église se trouvaient une école paroissiale et une école municipale.

Malheureusement, l'église n'a fonctionné que 20 ans. En 1934, elle a été fermée, mais en 1942, avec la permission des autorités d'occupation, les services religieux ont repris. Après la guerre, la cathédrale a de nouveau été fermée.

Pendant la période d'abandon, l'église a perdu son mobilier, ses icônes, ses meubles et ses iconostases. Les lampes et les candélabres ont été envoyés au Soviet municipal, et la clôture de la cathédrale se trouve encore autour de l'hôpital pour enfants sur la rue Turgenev.

Jusqu'en 1972, l'église a abrité un entrepôt et une base de salaison. Les fresques ont été recouvertes de peinture à l'huile. Plus tard, le bâtiment a été utilisé comme atelier de sculpture du Fonds artistique de Krasnodar de l'URSS. De nombreux monuments de Krasnodar ont été créés dans la cathédrale à cette époque.

En 1985, l'architecte G. I. Bekbulatova a décrit l'état de la cathédrale : les façades sont encombrées, les porches sont détruits, les fresques sont recouvertes, le toit est endommagé, les portes ne se ferment pas, les grilles décoratives et les vitraux sont perdus, les intérieurs et les sols sont dans un état de délabrement.

En 1989, les croyants ont recueilli plus de 2000 signatures et ont obtenu le retour du bâtiment à l'administration épiscopale de Kuban. En 1990, la cathédrale a été restituée aux croyants, et les services religieux ont repris.

Depuis le 1er septembre 2006, la séminaire spirituelle d'Ekaterinodar et une école du dimanche pour enfants fonctionnent sur le territoire de la cathédrale.

Le 16 septembre 2020, le Conseil épiscopal de la métropole de Kuban a décidé de fusionner la cathédrale de la Sainte Trinité et la séminaire spirituelle d'Ekaterinodar en un complexe éducatif spirituel unique.