Le temple en l'honneur de l'icône de Kazan à Astrakhan est apparu au début du XVIIe siècle. En 1614, le prince Ivan Nikitich Odoïevski a été envoyé pour libérer la ville des bandits dirigés par l'ataman Zaroutski, apportant avec lui une copie de l'icône miraculeuse. Zaroutski a quitté la ville avant l'arrivée du voïvode, et un temple en pierre a été construit au-dessus des portes orientales du kremlin en l'honneur de l'icône. Les portes et la tour sous le temple ont été appelées Préchisten. En 1709, une cloche en pierre a été érigée au-dessus des portes, et le temple a été supprimé, l'icône ayant été transférée à la cathédrale de l'Assomption.

En 1707, de l'autre côté de la rivière Koutoum, dans la nouvelle colonie de Posad, le régiment de soldats de Kazan s'est installé. Des marchands et d'autres habitants, qui étaient rattachés à l'église de Smolensk de l'autre côté de la rivière, ont commencé à s'y établir. En raison des difficultés d'accès à l'église, surtout par mauvais temps, les habitants se sont adressés à l'évêque Hilarion pour obtenir la permission de construire leur propre temple en l'honneur de l'icône de Kazan. En 1753, la collecte de dons a commencé, et après 16 ans, le temple a été construit, et trois ans plus tard, une cloche a été ajoutée. En 1797, la chapelle en bois a été démontée en raison de sa vétusté, et en 1807, le marchand Makari Abézyan a ajouté une nouvelle chapelle en l'honneur du Saint Martyr Haralampius. En 1811, grâce aux fonds du marchand Ivan Multanov, une chapelle latérale a été construite en l'honneur des Saints Basil le Grand, Grégoire le Théologien et Jean Chrysostome.

En 1923, la cathédrale de Kazan a été saisie par les rénovateurs, et en 1930, le pouvoir soviétique l'a reprise. La cloche et certaines parties du temple ont été démolies, et il est devenu à coupole unique. Le temple a été utilisé comme entrepôt, puis comme entrepôt de chaussures. En 1955, le bâtiment a été transféré au Conseil régional des syndicats. Pendant longtemps, la tête solitaire de la cathédrale émergeait derrière les entrepôts du port.

Le 15 juin 1991, le temple a été restitué à l'Église orthodoxe, et sa restauration a commencé. L'apparence extérieure a été renouvelée, le dôme et le toit ont été recouverts de nouveau métal, des fenêtres ont été insérées, les portes d'entrée ont été restaurées et un nouvel iconostase a été installé. Les travaux de peinture du temple ont commencé. De 2006 à 2008, la cloche a été restaurée dans son état d'origine. Les travaux de reconstruction de la cathédrale de Saint-Kazan se poursuivent encore aujourd'hui.