Saint Stéphane est né vers 1340 à Ustyug dans une famille de clercs, fils de Siméon. Lorsque sa mère Marie avait trois ans, le saint Procope lui annonça la naissance d'un fils saint. Sous l'influence de sa pieuse mère et grâce à ses capacités, Stéphane montra dès son jeune âge un zèle pour le service de l'Église : en un an, il apprit à lire et aida son père à l'église, remplissant les fonctions de canonarch et de lecteur.

Dans sa jeunesse, Stéphane prit l'habit monastique au monastère de saint Grégoire le Théologien à Rostov, connu pour sa riche collection de livres. Désirant lire les saints pères dans l'original, il étudia la langue grecque. Aidant son père à l'église, Stéphane communiquait souvent avec les Zyrians et, maîtrisant la culture ecclésiastique, cherchait à les convertir à Christ.

Pour l'instruction des Zyrians, Stéphane créa un alphabet pour leur langue et traduisit plusieurs livres d'église. Il utilisa des signes monétaires zyriens, gravés sur des bâtons (pasy), pour créer l'alphabet. L'évêque de Rostov, Arsène, le consacra au rang d'hiérodiacre. Préparé pour l'activité missionnaire, Stéphane se rendit à Moscou en 1379 auprès de l'évêque Gérasime, qui dirigeait la métropole, et demanda la bénédiction pour une mission à Perm. L'évêque le bénit et le consacra au rang d'hiéromoine, lui fournissant des antimins, de l'huile sainte et des livres de service. Le grand prince Dimitri Ivanovitch lui délivra des lettres de protection.

De Ustyug, Stéphane se dirigea le long de la Dvina du Nord vers les établissements des Zyrians, où il fut accueilli avec hostilité. Cependant, sa douceur et son courage désarmèrent les Zyrians, qui lui demandèrent de prêcher. Stéphane endura de nombreuses difficultés en vivant parmi des païens adorant des idoles et des forces de la nature.

Les Zyrians vénéraient particulièrement le "bouleau maléfique", auquel ils offraient des sacrifices. Stéphane construisit sa cellule près de l'arbre et utilisa les rassemblements des païens pour prêcher. Puis il abattit et brûla le bouleau, ce qui provoqua la colère des Zyrians. Cependant, Stéphane s'adressa à eux avec un discours, expliquant l'impuissance de leurs dieux et la grandeur du Dieu chrétien. À l'emplacement du bouleau, il construisit une église en l'honneur de l'archange Michel.

Les Zyrians baptisés commencèrent à détruire leurs idoles et à apporter des offrandes à Stéphane, qui ordonna de les brûler, ne laissant que le lin pour envelopper les pieds. Un tournant chez les Zyrians se produisit après une dispute entre Stéphane et le prêtre Pam, qui tentait de prouver la puissance de ses dieux. Pam proposa de passer à travers le feu et l'eau, mais eut peur et refusa. Stéphane ne le punît pas, mais continua à prêcher. En remerciement pour sa victoire sur le prêtre, Stéphane construisit une église en l'honneur de saint Nicolas.

En 1383, Stéphane fut ordonné évêque de Perm par le métropolite Pimen. Il s'occupa de son troupeau, ouvrit des écoles près des églises, traduisit des livres sacrés en langue permienne et construisit des églises. En période de famine, il fournissait du pain aux Zyrians, les protégeait de la violence et intercédait pour eux à Moscou. Grâce à ses efforts, la terre de Perm se convertit au christianisme.

En 1390, en voyage vers Moscou, Stéphane salua mentalement Serge de Radonège, qui lui répondit à distance. Ce lien spirituel est reflété dans la prière à leur intention lors du repas fraternel.

Stéphane fonda plusieurs monastères pour les Zyrians et peignit plusieurs icônes, y compris la "Trinité Zyrianne". En 1395, il se rendit à nouveau à Moscou et y décéda le 26 avril 1396.