Le bienheureux Adrian d'Androussa possédait un riche domaine à Andreyevshchina, situé à 9 verstes du monastère du bienheureux Alexandre de Svir. En 1493, en chassant le cerf, il rencontra Alexandre de Svir et commença à le visiter souvent pour des conseils. Avec le temps, Adrian commença à apporter du pain à ses compagnons. Ayant quitté son domaine, il prit l'habit au monastère de Valaam sous le nom d'Adrian. Quelques années plus tard, avec la bénédiction d'Alexandre de Svir, Adrian s'établit dans un endroit isolé sur la péninsule du lac Ladoga. Bientôt, d'autres moines le rejoignirent et ils construisirent deux églises : en l'honneur de l'Entrée au Temple de la Très Sainte Mère de Dieu et de saint Nicolas le Thaumaturge. Vasily III accorda aux moines du désert d'Adrian une aumône du trésor et les exempta des droits de pêche.

Selon la légende, en face du désert d'Adrian, sur l'île de Sala, se cachaient des bandits qui commettaient des vols sur le lac Ladoga. Le chef, mécontent de l'apparition du monastère, exigea que les moines s'en aillent. N'ayant pas les moyens de racheter leur départ, Adrian supplia le bandit de laisser la péninsule aux travailleurs pacifiques, promettant de prier pour lui et le convainquant d'abandonner son entreprise injuste. Le chef se moqua d'abord, mais touché par l'insistance d'Adrian, il permit aux moines de rester.

Plus tard, le chef rencontra une autre bande sur la pointe voisine de Storozhevsky, fut vaincu et enchaîné dans une barque. Tout à coup, il vit Adrian, qui lui dit que par la grâce du Seigneur, pour qui ils avaient demandé miséricorde, il était libre, et disparut. Le chef se retrouva sans chaînes sur la rive et se hâta vers le monastère d'Adrian, où il trouva tous en train de psalmodier. Étonné, il demanda à être reçu dans la fraternité et resta au monastère, terminant sa vie dans le repentir. Un autre chef de bande se repentit également et prit l'habit sous le nom de Cyprien de Storozha.

Le tsar Ivan Vassilievitch apprit l'existence du monastère et fit des dons à celui-ci. En août 1549, Adrian fut invité pour le baptême de la fille d'Ivan le Terrible, Anna. Cependant, de retour de Moscou, il fut tué par des paysans du village d'Obzha, espérant trouver de l'argent chez lui.

En 1551, les reliques incorrompues d'Adrian d'Androussa furent découvertes, et sa mémoire est célébrée le 17 mai.

Le monastère souffrit beaucoup pendant la guerre russo-suédoise de 1570-1582. En 1572-1573, le général suédois Herman Fleming ravagea la Carélie près du lac Ladoga. Dans les années 1580, il ne resta que l'église en pierre de Nicolas d'Androussa, tous les bâtiments en bois ayant été brûlés et l'abbé tué. Avec l'arrivée de la Maison de Romanov, le monastère fut restauré.

En 1764, par décret de Catherine II, le monastère d'Androussa fut aboli.

La renaissance du monastère est liée à l'abbé du monastère de Valaam, Innocent, qui, selon la légende, fut sauvé deux fois dans le lac Ladoga par les prières d'Adrian et fit le vœu de restaurer le monastère. Cependant, ce n'est qu'en 1817 qu'il put commencer à tenir sa promesse. Grâce aux dons de S. F. Chousov et A. S. Sergueev, le désert fut restauré et rattaché au monastère de Valaam.

L'empereur Alexandre Ier, visitant le gouvernement d'Olonets en 1819, souhaita rendre hommage à Adrian et se rendit à sa tombe. Plus tard, il envoya des vases et des livres pour l'église.

En 1828, avec la création de l'éparchie d'Olonets, les reliques du saint furent transférées dans la nouvelle église en pierre de l'Entrée de la Mère de Dieu. À l'endroit où Adrian périt, une chapelle avec un clocher fut construite entre 1882 et 1885.

Après le coup d'État bolchevique de 1917, le monastère d'Androussa cessa d'exister. Les moines se réfugièrent au monastère de Valaam, situé en Finlande, ce qui les sauva du bolchevisme.

À la fin des années 1990 et au début des années 2000, les terres du monastère furent transférées à la paroisse orthodoxe du village d'Ilyinsky.

En juillet 2011, l'administration du district d'Olonets transféra au désert de Mitrophanie un terrain, dont une partie est un site historique du désert de Nicolas d'Androussa. Là, les ruines des églises de l'Entrée et de Nicolas, les fondations de l'enceinte monastique et de six bâtiments résidentiels sont conservées.

Le monastère est en pleine renaissance. D'ici septembre 2013, deux maisons furent construites sur les anciennes fondations, dont l'une comprend une église domestique de l'Annonciation de la Très Sainte Mère de Dieu, une salle à manger et des cellules. La construction d'un bâtiment pour les frères a été commencée.

Des fouilles des ruines des églises de l'Entrée et de Nicolas sont en cours. Au-dessus de l'endroit où reposent les reliques d'Adrian d'Androussa, une chapelle temporaire a été érigée.

Pour les besoins du monastère, des locaux auxiliaires et un bain ont été construits. La route menant au monastère a été assainie et nivelée.

Les 5 et 6 décembre 2013, une commission visita le monastère pour examiner la possibilité de transférer le monastère masculin de Mitrophanie au village d'Ilyinsky et de le renommer en monastère Nikolski Adriano-Androussov. Le 19 mars 2014, le Saint Synode de l'Église orthodoxe russe prit la décision d'ouvrir officiellement le monastère et nomma le hiéromoine Tita Boukanov comme son abbé.