À la fin du XVIIe siècle, le quartier près des portes de Serpoukhov a commencé à être activement peuplé par des artisans et des commerçants, ce qui a nécessité la construction d'une église séparée pour les nouveaux habitants. En 1696, sur des terres offertes par le monastère de Danilov, une église en bois au nom de l'Ascension du Seigneur a été érigée. Cependant, il est vite devenu évident qu'elle ne pouvait pas accueillir tous les souhaitants, et en 1708, une autorisation a été obtenue pour la construction d'une grande église en pierre dans le style baroque. Le bâtisseur de l'église était le tsarévitch Alexeï Petrovitch.

La construction s'est bien déroulée, et en 1714, le bas-côté au nom de l'icône de Jérusalem de la Mère de Dieu a été consacré avec deux chapelles : des Neuf Martyrs de Kizik et d'Alexeï l'Homme de Dieu, en l'honneur du tsarévitch Alexeï. L'église supérieure de l'Ascension a été construite jusqu'à la moitié des fenêtres. Cependant, la même année, les travaux ont été suspendus en raison d'un décret interdisant la construction en pierre en dehors de Saint-Pétersbourg. En 1716, le tsarévitch Alexeï s'est échappé à Vienne et est devenu un opposant à Pierre Ier, et en 1718, il a été ramené en Russie, condamné à mort et est mort à la forteresse Pierre-et-Paul.

Ces événements ont arrêté la construction, et les paroissiens ont temporairement couvert la partie érigée d'un toit en bois. Ce n'est qu'en 1762 que l'église a été consacrée dans sa forme, qui, avec des modifications, a été conservée jusqu'à nos jours.

On suppose que l'architecte était Domenico Trezzini, connu pour la cathédrale Pierre-et-Paul à Saint-Pétersbourg. Les noms d'Ivan Michourine et de Dmitri Oukhtomski sont également mentionnés, qui ont achevé l'église. Le principal temple supérieur sur une large plateforme est réalisé en forme de croix avec un octogone et une coupole complexe au centre, dans le style baroque. Les façades sont décorées de grandes fenêtres, de petites fenêtres rondes et de pilastres, tandis que le niveau inférieur est presque dépourvu de décor. En 1839, une salle à manger a été ajoutée, et en 1842, une cloche à quatre niveaux avec un clocher a été érigée au-dessus de l'entrée ouest.

Les services religieux ont continué jusqu'en 1929, après quoi l'église a été fermée et sa démolition a été envisagée. Cependant, seule la cloche et la clôture ont été démontées, tandis que le reste a été utilisé comme entrepôt réfrigéré. L'église a perdu sa coupole avec tambour, et le niveau inférieur a été reconstruit. Plus tard, des dortoirs, des bureaux et un centre de calcul d'un des ministères y ont été installés, et les intérieurs ont été perdus. La restauration a commencé en 1991 avec la reprise des services religieux. Sous le plâtre, d'anciennes fresques ont été découvertes, et l'icône de Jérusalem de la Mère de Dieu a été restituée du monastère de Danilov. Aujourd'hui, l'église a retrouvé son apparence du début du XXe siècle, la coupole, le clocher et les intérieurs ont été recréés. À proximité, un bâtiment pour un orphelinat avec une église domestique au nom des Nouveaux Martyrs et Confesseurs de Russie a été construit, et un peu plus loin, une église-chapelle au nom de la princesse égale aux apôtres Olga a été érigée.