À la fin du XIXe et au début du XXe siècle, à l'est du champ de Khodynka, des casernes Nikolaïevski ont été construites pour loger la 1ère brigade d'artillerie des grenadiers du comte Bruce et le régiment de cosaques du généralissime prince Souvorov. Plus tard, une église y a été érigée, dont la construction a été activement soutenue par le conseiller d'État I.A. Kolesnikov. Il ne la concevait pas simplement comme une église régimentaire, mais comme un « temple-mémorial de la douleur russe », dédié aux hommes d'État morts lors de la révolution de 1905, et en premier lieu, au gouverneur général de Moscou, le grand-duc Serge Alexandrovitch, assassiné au Kremlin. La date de la pose de l'église, le 29 avril 1907, coïncidait avec le 50e anniversaire de la naissance du grand-duc. La cérémonie a commencé par une panikhida au monastère de Chudov, après quoi une procession dirigée par le métropolite de Kroutitski et Kolomenski Vladimir s'est dirigée vers le champ de Khodynka pour la pose solennelle du temple. Le 5 avril 1909, l'église a été consacrée.

L'architecte de l'église était Vladimir Adamovitch, qui s'était déjà fait un nom comme assistant de Fiodor Chekhtele et auteur du manoir Melnikov dans la ruelle Volkovo. Plus tard, il sera connu comme le créateur du manoir N.A. Vtorov sur la place Spasopeskovskaïa, de la villa « Cygne noir » dans le parc de Petrov et de l'église des saints Constantin et Michel à Vilnius. Sur le champ de Khodynka, Adamovitch a travaillé dans un style « byzantin », s'inspirant des églises balkaniques. Le prototype était l'église des Douze Apôtres à Thessalonique du XIVe siècle, dont le nombre de fenêtres dans le dôme est de 12. L'église a cinq dômes, avec quatre petites coupoles aux coins et une maçonnerie « rayée » sur la façade, caractéristique du style « byzantin ». Au-dessus de l'entrée ouest se trouve un clocher.

Le choix de la dédicace à l'icône de Vatopédi n'est pas un hasard, car dans la tradition russe, elle est appelée « Réconfort et consolation » : le temple devait devenir un lieu de deuil et de consolation pour les proches des défunts. À l'intérieur de l'église, il y avait des plaques en marbre avec les noms de 1850 fonctionnaires, tués pour des motifs politiques en 1904 et 1907 dans 73 provinces de Russie. D'une valeur particulière était le chœur à deux niveaux avec des décorations dorées et le Suaire, brodé par des religieuses du monastère de Novo-Alekseevsky selon un dessin de Viktor Vasnetsov.

Après la révolution, les casernes sont devenues d'Octobre, l'église a été fermée, et son bâtiment a été utilisé comme dortoir, entrepôt et atelier de l'usine « Znamya truda ». Tous les dômes et le clocher ont été démolis, et à la fin des années 1980, le bâtiment a failli être détruit. Heureusement, en 1991, l'église a été transférée à la communauté des croyants, et sa restauration a commencé, grâce à laquelle l'église de l'icône de Vatopédi a retrouvé son apparence historique.