L'église de la Sainte Trinité à Pyongyang, située dans le quartier de Chongbæk au bord de la rivière Taedonggang, est la seule église orthodoxe en activité en Corée du Nord et appartient à l'éparchie coréenne de l'Église orthodoxe russe.

En 1931, Pavel Afanassiev, ancien psalmiste de la mission spirituelle russe en Corée, est passé sous la direction de l'archevêque Melétius (Zaborovski) de Harbin, qui était sous la juridiction de l'Église orthodoxe russe hors frontières. En mai 1933, Afanassiev a été ordonné prêtre et a fondé un poste missionnaire à Pyongyang, où il a converti environ 450 Coréens à l'orthodoxie. Cependant, après la Seconde Guerre mondiale, le poste missionnaire a cessé d'exister, tout comme de nombreuses autres organisations chrétiennes.

Le 22 août 2002, lors d'une visite dans l'Extrême-Orient russe, le leader nord-coréen Kim Jong Il a visité l'église de Saint Innocent d'Irkoutsk à Khabarovsk et a manifesté un intérêt pour l'orthodoxie. Il a exprimé le souhait d'ouvrir une église orthodoxe à Pyongyang et a demandé à l'ambassadeur russe Andreï Karlov pourquoi on ne lui avait pas proposé de construire une église plus tôt. Karlov a répondu que cela aurait été une ingérence dans les affaires intérieures du pays, ce à quoi Kim Jong Il a rétorqué que ce serait un bon conseil.

Le 24 juin 2003, l'archevêque de Kalouga et Borovsk, Clément, a consacré la première pierre de la nouvelle église. La même année, quatre étudiants de la RPDC ont été admis au séminaire spirituel de Moscou. Le projet de l'église a été élaboré par des spécialistes coréens, basé sur l'architecture des églises russes des XVIIe et XVIIIe siècles. La construction a été financée par le budget de la RPDC, ainsi qu'avec le soutien de l'administration du territoire de Primorie et d'hommes d'affaires russes. L'Église orthodoxe russe a fourni les objets liturgiques, les icônes et les cloches.

En juin 2006, le président du Comité orthodoxe de la RPDC, Georgiy Ho Ir Zin, a demandé au patriarche de Moscou Alexis II d'accepter l'église dans le giron de l'Église orthodoxe russe, ce qui a été approuvé par le Saint-Synode en juillet de la même année. Le 13 août 2006, le métropolite de Smolensk et Kaliningrad, Cyrille, a présidé la consécration solennelle de l'église, au cours de laquelle le diacre Théodore Kim a été ordonné prêtre. Le lendemain, le diacre Jean Ra a été ordonné prêtre.

En octobre 2006, le métropolite Sotirios (Trambas) de la métropole coréenne du patriarcat de Constantinople, ayant reçu la permission du patriarcat de Moscou, a célébré à l'église lors de la fête de la Protection de la Mère de Dieu, mentionnant le nom du patriarche de Moscou Alexis II.

Au départ, les fidèles de l'église étaient principalement des employés de l'ambassade russe à Pyongyang et des diplomates d'autres pays orthodoxes accrédités en RPDC. Des délégations de Russie ont également visité l'église.

À l'été 2015, des iconographes de l'atelier « Joie » ont décoré les murs de l'église avec des fresques, qui ont été consacrées en octobre de la même année par l'évêque d'Ussuri, Innocent. En août 2016, quatre novices coréens ont été envoyés au séminaire spirituel de Khabarovsk.

En octobre 2018, l'Église orthodoxe russe a rompu la communion eucharistique avec le patriarcat de Constantinople. En décembre de la même année, la métropole coréenne du patriarcat de Constantinople a déclaré l'église de Pyongyang comme la sienne, ce qui a surpris l'ambassade russe. En raison de l'impossibilité de prendre soin des fidèles russes dans les églises du patriarcat de Constantinople et pour développer l'activité missionnaire sur la péninsule, un Exarchat patriarcal en Asie du Sud-Est a été créé le 28 décembre 2018, incluant la Corée du Nord et la Corée du Sud. Le 26 février 2019, le Saint-Synode de l'Église orthodoxe russe a établi l'éparchie coréenne dans le cadre de l'exarchat, couvrant la RPDC et la République de Corée.