L'archiprêtré de l'église en l'honneur des saints égaux aux apôtres Cyrille et Méthode a été consacré le 23 mai 2015 par le métropolite de Nizhny Novgorod et d'Arzamas, Georgiy. Cet événement a eu lieu la veille de la célébration de leur mémoire et de la Journée de l'écriture et de la culture slaves, qui sont célébrées le 24 mai.

Avant la révolution de 1917, le bâtiment avec l'église domestique sur la rue Gruzinskaya appartenait à la fraternité des saints égaux aux apôtres Cyrille et Méthode. Il y avait un internat pour les pauvres élèves du gymnase provincial.

La pose de la fondation de l'internat avec l'église a été réalisée en 1894, et la construction a été financée par les marchands Rukavishnikov. L'église a été consacrée le 2 février 1897 par l'évêque de Nizhny Novgorod et d'Arzamas, Vladimir II Nikolsky.

Chaque année, le 24 mai, le jour de la mémoire des saints Cyrille et Méthode, des lectures étaient organisées dans l'église, consacrées aux actes des frères de Thessalonique.

À l'époque soviétique, à partir de la fin de 1939, le bâtiment de la fraternité a abrité un institut de microbiologie. La salle de l'église a été divisée en deux parties par une cloison intermédiaire. Sous le dôme se trouvait la bibliothèque scientifique de l'institut, tandis qu'en bas, un laboratoire a été aménagé.

Pendant la Grande Guerre patriotique, l'institut a joué un rôle important en fournissant des vaccins à l'Armée rouge et à la population civile de l'URSS. Des vaccins étaient produits dans la salle de prière de l'église, sauvant des centaines de milliers de vies.

En avril 2013, l'Institut de l'épidémiologie et de la microbiologie a déménagé dans un nouveau bâtiment sur la rue Malaya Yamskaya. Après cela, des travaux de restauration de l'église ont commencé.