Le 6 juin 1905, une réunion s'est tenue à la station de Chilka pour discuter de la nécessité de construire une église, de choisir un emplacement et de financer le projet. Lors de cette réunion, un comité de surveillance a été créé pour contrôler les dons et vérifier les rapports sur la construction de l'église. Un ordre a également été établi pour convoquer des réunions des membres du comité des donateurs. À l'époque, il y avait déjà une église dédiée à saint Nicolas dans le village de Mitrofanovo, que les habitants de Chilka fréquentaient. Cependant, avec le développement de la station et la croissance de la population, le besoin d'une église propre s'est fait sentir, car la plupart des habitants de Chilka étaient des cheminots travaillant par équipes, ce qui compliquait l'accès à l'église de Mitrofanovo.

Le 29 juin, le prêtre de l'église de Mitrofanovo, Iakov Znamenki, en compagnie du prêtre de l'église de Gorodishche, Mikhaïl Pliaskine, et du diacre Nikolaï Znamenki, a procédé à la pose de la première pierre de l'église à la station de Chilka au nom des saints apôtres Pierre et Paul, en présence d'environ 1000 fidèles. Iakov Znamenki a proposé aux présents de déposer chacun une pierre dans les fondations de l'église.

En 1908, grâce aux fonds des paroissiens cheminots, l'église a été construite et consacrée le 30 mars 1908 par l'évêque de Transbaïkalie et de Nerchinsk, Méthode. Le bâtiment de l'église était en bois avec un clocher, recouvert de tôle, et avait trois coupoles dorées. Au début de 1909, une paroisse autonome a été formée à l'église ferroviaire de Chilka. Le 7 avril 1909, le prêtre Nikolaï Pavlovitch Vinogradov a été nommé recteur de l'église Pierre-Paul. Jusqu'en juin 1909, l'église relevait du deuxième district ecclésiastique des églises ferroviaires, et le 24 juin 1909, elle a été transférée au 25e district de l'évêché de Transbaïkalie et de Nerchinsk. La chapelle inférieure de l'église était construite en pierre taillée et recouverte de terre, donnant l'impression que la chapelle supérieure était située sur une colline. La chapelle supérieure a été construite en bois dans le village de Kibassovo et a été déplacée à son emplacement actuel trois ans plus tard. Grâce aux efforts des cheminots et des habitants de la région, cette église a vu le jour en l'honneur des saints apôtres Pierre et Paul. Le personnel de l'église d'avant la révolution comprenait 5 membres du clergé : un archiprêtre, deux prêtres, un diacre et un psalmiste.

En 1929, l'église a été fermée et bientôt utilisée comme prison de transit, où se retrouvaient en premier lieu des prêtres et les soi-disant koulaks. Après la prison, le bâtiment a abrité une forge, un collège professionnel, un entrepôt de légumes et un silo à grains, puis une salle de sport et un musée. Ce n'est qu'en 1990 qu'un député local a aidé à rassembler et à organiser la communauté des croyants. Après cela, de longues démarches ont commencé pour expulser les anciens occupants. La salle de sport a été démontée, mais le musée est resté dans le sous-sol, et les affaires des paroissiens avançaient lentement.

Le bâtiment a été remis aux croyants dans un état lamentable : le plafond était comme un tamis, les fenêtres étaient barricadées avec des planches, les murs étaient déformés, le système de chauffage était absent, il n'y avait pas de coupoles, de croix, d'icônes ni d'ustensiles d'église. En 2002, une collecte de fonds a été annoncée pour les cloches, et en un an et demi, une somme suffisante a été réunie pour acheter six cloches, la plus grande pesant 7 poods.

Actuellement, une école du dimanche et une salle à manger fonctionnent à l'église, où non seulement les fidèles reçoivent des repas, mais aussi de nombreuses personnes défavorisées. Une auberge caritative de cinq places est également ouverte pour les pèlerins.