Pendant la majeure partie de la période soviétique, il n'y avait pas d'églises orthodoxes à Sakhaline. Toutes les tentatives des croyants de créer une paroisse et une maison de prière n'ont pas abouti. Ce n'est qu'en janvier 1989 qu'une organisation religieuse de chrétiens orthodoxes a pu être enregistrée. À la demande des croyants, l'évêque de Khabarovsk, Gabriel (Stebliouchenko), a béni la communauté orthodoxe en l'honneur de la sainte bienheureuse Ksenia de Saint-Pétersbourg. Les croyants ont été invités à acquérir une maison en blocs de béton dans le secteur privé de la ville, au 6 rue Troudovaïa, et à y aménager une église. Ainsi, pour la première fois depuis longtemps, une église orthodoxe a ouvert dans la région, consacrée également en l'honneur de la bienheureuse Ksenia de Saint-Pétersbourg. Des milliers de Sakhalins se sont précipités dans ce petit local, venant de différents districts de la région. L'ouverture de l'église de la sainte Ksenia de Saint-Pétersbourg a posé les bases pour le développement futur de l'orthodoxie à Sakhaline, et de nouvelles paroisses ont commencé à apparaître très activement.

Cette église peut être considérée comme un monument et une valeur historique. Avec les années, le nombre de ces paroisses domestiques à Sakhaline diminue, et au lieu de constructions temporaires, des bâtiments d'église complets sont érigés.

Une tradition s'est établie, selon laquelle, pour la fête du trône le 6 février (6 juin selon le nouveau style), l'évêque en fonction célèbre dans l'église. L'évêque Tikhon (Dorovskikh) a qualifié la fête du trône de cette église de fête de tout le diocèse. À l'entrée, dans un petit vestibule, les paroissiens laissent leurs vêtements d'extérieur et leurs sacs, et changent également pour des pantoufles domestiques.

L'église est rattachée à l'église d'Anastasie la Libératrice, située dans la colonie pénitentiaire n° 1.