L'église troglodyte, comprenant deux chapelles, constitue un ensemble unique de trois temples : le temple de Clément, consacré en 1852, celui de Martin le Confesseur, consacré en 1867, et celui d'André le Premier-Appelé, consacré en 1900. Les travaux de restauration ont été réalisés sous la direction de l'architecte D. M. Stroukov. Pendant la guerre de Crimée, l'église a subi de lourds dommages. Dans les années 1930, elle a été transférée au musée de Sébastopol et rouverte dans les années 1990.

Depuis 1991, après la période soviétique, grâce aux efforts du supérieur archimandrite Augustin (Polovetsky, †1996), le monastère a commencé à renaître progressivement : les temples et les bâtiments des cellules ont été restaurés. Une parcelle de la précieuse tête du saint martyr Clément a été transférée de Kiev, et le reliquaire contenant ses reliques a été installé dans l'église Saint-Clément.

Le 26 janvier 2019, des services hebdomadaires ont été repris dans le complexe temple troglodyte, dans l'église de Clément Romain.