Encore lors des visites de l'Empereur Alexandre II à Kissingen en 1864 et 1868, la nécessité de construire une église russe dans cette ville était discutée. Cependant, ce n'est qu'en 1897, grâce aux efforts du protodiacre Alexeï Maltsev et de la Fraternité Saint Vladimir, que la collecte de fonds a commencé, un comité de construction a été créé sous la présidence de l'envoyé russe à la cour bavaroise A.P. Izvolski et un terrain a été acquis. L'architecte pétersbourgeois Victor Alexandrovitch Schröter a élaboré gratuitement le plan de l'église, qui, contrairement à d'autres églises russes en Allemagne, a été réalisé dans le style byzantin, comme la cathédrale Saint Vladimir à Kiev. La fresque de l'église, réalisée par les artistes Dimitri Kiplik, Alexandre Blaznov et Ivan Popov en 1905, a également suivi l'exemple de la fresque de la cathédrale de Kiev de Victor Vasnetsov.

La pose de la première pierre de l'église le jour de l'icône de la Mère de Dieu de Kazan, le 8/20 juillet 1898, ainsi que sa consécration le jour de Saint Serge de Radonège, le 5/18 juillet 1901, ont été effectuées par le chef de l'Église roumaine, le métropolite Joseph Georgyan, et le recteur de l'église russe de l'ambassade à Berlin, le protodiacre A. Maltsev. L'église a été construite en mémoire du couronnement de l'Empereur Nicolas II en 1896, bien qu'il ne l'ait jamais visitée. Néanmoins, d'autres membres de la Maison impériale y ont prié : le grand-duc Paul Alexandrovitch avec son épouse la princesse Paley et leur fils le prince Vladimir Paley (1903-1911), le grand-duc Georges Mikhaïlovitch (1910-1913), le grand-duc Michel Alexandrovitch avec son épouse (1913), le grand-duc Michel Mikhaïlovitch (1909), la grande-duchesse Xénia Alexandrovna avec son époux le grand-duc Alexandre Mikhaïlovitch (1910), le grand-duc Boris Vladimirovitch (1933-1934), la grande-duchesse Kira Kirillovna (1945) et la princesse Vera Konstantinovna, qui a longtemps dirigé la Fraternité Saint Vladimir (1951). Pendant la Première Guerre mondiale, l'église a été fermée et a été sous séquestre. En juin 1921, l'archevêque Eulogius (Georgievski) a célébré un service dans l'église, reprenant les offices. En 1944-45, la maison de l'église est devenue un refuge pour les réfugiés russes, principalement des prêtres avec leurs familles. Le recteur de l'époque, le protodiacre Alexandre Bogatchev, qui avait lui-même survécu à la captivité et à l'emprisonnement dans les prisons de la Gestapo, a beaucoup aidé les réfugiés. Depuis le milieu des années 1990, une assez grande paroisse s'est formée autour de l'église, composée principalement de migrants. Depuis 2005, l'église est desservie par le prêtre Valery Mikheev de Landshut. Depuis 1938, l'église fait partie de l'Éparchie allemande de l'Église orthodoxe russe à l'étranger (ROCOR).