L'église Znamenskaya, qui existe aujourd'hui, a été construite dans les années 1890, mais ce n'est pas le premier bâtiment à cet endroit. Déjà en 1736, à la demande de l'igoumène Ion et par décret de l'archevêque Joakim, une chapelle a été annexée au monastère d'Afanassievski, adossée à la tour Vlassievskaya. Cette tour servait de porte fortifiée à la ville de Zemlyanoy, et sur sa façade est était représentée l'image de la Vierge Marie Znameniye, tandis que sur la façade ouest se trouvait l'image du Sauveur, qui, selon la tradition, était une copie de l'image sur la tour Spasskaya du Kremlin de Moscou. L'image de la Vierge symbolisait la protection céleste de la ville. À l'origine, un escalier en bois y menait, puis une chapelle en bois, appartenant à l'église Vlassievskaya, a été ajoutée. En 1736, en raison d'un manque de fonds au monastère Vlassievski, l'archevêque Joakim ordonna que des prières soient célébrées devant l'image par les moines du monastère d'Afanassievski, et que les dons soient dirigés en sa faveur.

En 1779, la chapelle en bois a été remplacée par une chapelle en pierre, mais en 1785, le gouverneur général A.P. Melgunov décida de démolir la tour Znamenskaya pour utiliser les briques dans la construction de la Maison de l'assistance. Cependant, grâce à l'intervention du maire Andrei Barsov, qui proposa au gouverneur 15 000 briques, la tour a pu être préservée. Peu après, la femme du gouverneur, tombée malade, a vu en rêve l'image de la Vierge, qui prédit sa guérison à condition que la tour soit conservée.

En 1850, la chapelle en pierre a été agrandie et ornée de peintures. En 1861, grâce aux fonds d'A.I. Olovyanishnikov, un temple en pierre a été construit au nom de l'icône de la Vierge Znameniye. Dans les années 1890, grâce aux efforts de l'évêque Ioanniki et de l'architecte A.A. Nikiforov, le temple a été reconstruit et agrandi. Le 18 mai 1897, sa consécration solennelle a eu lieu. L'image du Sauveur sur la façade ouest de la tour était également vénérée, et chaque année, le 1er août, une prière était célébrée devant elle.

Peu avant la Révolution d'Octobre, un autel en l'honneur d'Anna Kashinskaya est apparu dans l'église, mentionné dans les inventaires des années 1920. Cela a probablement été initié par l'archimandrite Kornili.

Dans les années 1930, lorsque les autorités locales prévoyaient de démolir l'église, l'évêque Sofoniy a fait appel à la Glavnaïka pour demander la préservation de l'icône de la Vierge Znameniye comme valeur archéologique. Cependant, après inspection, la fresque a été jugée secondaire, et elle a rapidement été détruite. L'église Znamenskaya a été fermée le 8 mars 1932, et ses biens ont été transférés à l'église de la Vendredi sur la colline de Tugovaya.

Dans les années 1990, la tête du temple a été restaurée, et le bâtiment a abrité le studio de cinéma "Yunost". En 2001, l'archevêque Mikhey a proposé de créer à Yaroslavl un Centre culturel orthodoxe et de rendre le temple à l'église, mais la question a traîné en raison du manque d'espace pour le studio de cinéma. Ce n'est qu'après treize ans, en 2015, que l'église a été restituée à l'Éparchie de Yaroslavl, et le 6 janvier, le premier service a eu lieu après une interruption de 80 ans.