Le clocher de cette église, visible depuis le grand pont de Moscou, attire l'attention par son haut dôme qui domine l'architecture du quai de Sofia. Cependant, peu de gens voient l'église elle-même, seulement ceux qui s'approchent du clocher et passent par ses portes dans la cour. C'est là que l'on peut voir le temple, qui est plus ancien que le clocher.

L'église de Sofia a été construite par des jardiniers royaux vivant en face du Kremlin, dans le jardin même. La première mention de celle-ci date de 1495, ce qui en fait l'une des plus anciennes de Zamoskvorechye. Ensuite, le temple disparaît des sources écrites et est à nouveau mentionné comme étant en bois en 1672. Dix ans plus tard, en 1682, il a été reconstruit en pierre, et ce bâtiment a survécu jusqu'à nos jours avec quelques modifications.

À l'origine, l'église de la Sagesse Divine avait l'apparence traditionnelle de l'époque : une construction en forme de « navire » orientée d'ouest en est, avec cinq coupoles ornées de kokoshniks décorés de carreaux. Au fil du temps, l'apparence du temple a changé. Au milieu du XIXe siècle, le clocher en bois délabré a été démoli. Entre 1862 et 1868, selon le projet de l'architecte Nikolaï Ivanovitch Kozlovski, un nouveau clocher à trois niveaux dans le style russe a été construit du côté du quai, créant un ensemble avec les tours du Kremlin. Au deuxième niveau du clocher, grâce aux fonds du marchand Kotov, un temple a été consacré au nom de l'icône de la Mère de Dieu « Recherche des perdus ».

Dans les années 1890, les intérieurs du temple ont été embellis par des fresques de style XVIIe siècle. Entre 1929 et 1930, le célèbre peintre d'église comte V.A. Komarovski a travaillé sur de nouvelles fresques.

La reconstruction complète du bâtiment de l'église n'a pas été réalisée. Entre 1891 et 1893, l'ancienne salle à manger a été remplacée par une nouvelle, plus large, avec de grandes fenêtres ornées de cadres pseudo-russes. Des chapelles en l'honneur d'André le Premier Appelé et de saint Nicolas le Thaumaturge y ont été consacrées. Les kokoshniks de la partie principale de l'église se sont retrouvés cachés sous un toit tardif. En 1932, le temple a été fermé, les fresques ont été recouvertes. En 1992, l'église, qui avait auparavant abrité un club d'usine, des appartements et un laboratoire, a été restituée aux croyants.

En 2017, des travaux de conservation, de restauration et de recréation des peintures perdues ont été réalisés. Les esquisses de la recréation étaient basées sur l'analyse des esquisses conservées de V.A. Komarovski et sur la documentation photographique des années 1930.

En 2018, l'église de la Sagesse Divine a été lauréate du concours du gouvernement de Moscou « Restauration de Moscou » dans la catégorie « meilleure organisation de travaux de réparation et de restauration ».