L'église Nikolaïevsky dans le quartier de Vladychnaya était le huitième temple en pierre de la ville. Cependant, comme les églises plus anciennes, telles que celle de Jean-Baptiste et de l'Apparition de la Mère de Dieu à Doudikova Poustina, ainsi que les temples du monastère de la Sainte-Trinité et l'église séminaire de Kirillo-Ioanno-Bogoslovskaya à Solyany Dvor, n'ont pas été conservés, ce temple est devenu le troisième plus ancien après la cathédrale de la Sainte-Sophie et l'église froide de Dimitri de Priloutsky à Navolok. Cela sans compter les temples du monastère de Spaso-Priloutsky, qui ont été intégrés dans les limites de la ville en 1993.

En 1781, la paroisse de l'église Nikolaïevsky était la troisième plus grande à Vologda, comptant 72 foyers. En 1892, elle est devenue la deuxième en nombre de fidèles, atteignant 847 personnes.

En février 1930, l'église a été fermée et les cloches ont été enlevées. D'abord, elle a été utilisée pour loger des « koulaks » exilés des parties centrale et méridionale de l'URSS, puis le bâtiment a servi d'usine de jouets et de filature. Au début des années 1990, une communauté a été créée autour de l'église, et une collecte de fonds pour sa restauration a commencé. Au cours de la restauration de l'église de Nicolas le Miracleur, de nouveaux dômes ont été installés et la maçonnerie intérieure a été rénovée.

Aujourd'hui, l'église de Nikolaï-Vladychnensky abrite les reliques de Saint Antoine, évêque de Vologda et de Velikoperm, transférées ici de la cathédrale de la Sainte-Sophie le 26 septembre 1998.

L'église se distingue parmi les autres constructions de l'époque à Vologda par ses grandes dimensions, ses cinq tambours lumineux et sa structure à deux colonnes. Elle possède également un sous-sol élevé, une décoration extérieure, une double abside et un clocher reconstruit au XVIIIe siècle, ce qui en fait un temple typique de la ville de Vologda de la seconde moitié du XVIIe siècle.

G. K. Loukomsky décrivait l'église ainsi : « L'église de Saint Nicolas à Vladychnaya est un très haut cube, surmonté de cinq dômes qui sont étroitement et joliment disposés. Les formes brillantes, élastiques et bulbeuses des têtes sont belles, et les tambours sont ornés d'une ceinture en arc avec des colonnes, comme dans l'église de Jean à Doudikova Poustina. » Le décor des façades est exprimé par de grands arcs, séparés des murs par une corniche. Au début du XXe siècle, il y avait des peintures murales représentant les douze grandes fêtes. La peinture murale orne également les escaliers menant au temple supérieur. La salle à manger, adjacente à l'église à l'ouest, relie le temple à un élégant clocher à étages construit au milieu du XVIIIe siècle. Son élégant pilier est composé d'un carré, d'un haut étage octogonal avec des cloches et de deux petits octogones, couronnés d'une petite tête. Ces clochers à étages, qui ont remplacé au XVIIIe siècle les clochers en forme de tente de l'ancienne Russie, étaient caractéristiques de l'architecture de Vologda et d'autres villes du nord de la Russie à cette époque. La cloche la plus lourde du clocher, pesant 2 tonnes, a été fondue en 1782 à Moscou par le maître Asan Strugovshchikov.

La partie autel du sous-sol est intéressante car elle s'avance fortement vers l'est et se termine par deux demi-cercles d'abside, ce qui est caractéristique de plusieurs églises de Vologda, telles que l'église de Constantin et Hélène, la chaude église de Dimitri de Priloutsky et l'Assomption de la Mère de Dieu.

L'intérieur de l'église de Nicolas est réalisé dans le style baroque. La peinture murale était remplacée par une riche sculpture ornementale, couvrant les voûtes, les arcs et les colonnes. L'église abritait un iconostase dans le style de Louis XVI, combinant peinture, sculpture et sculpture sur bois.