La ville a été fondée en 1757 sous le règne d'Elisabeth Petrovna. Les premiers colons, des Tchouvaches nouvellement baptisés, ont donné son nom à la ville. Peu après, la première église en bois au nom de saint Michel l'archange a été construite à Belebey. Cependant, pendant la révolte de Pugachev, les Tchouvaches ont rejoint le soulèvement et ont brûlé l'église vers 1774. En 1781, Belebey est devenu une ville de district du gouvernement d'Orenbourg, et à l'emplacement de l'église brûlée, une deuxième église en bois de Michel l'archange a été érigée.

Après 35 ans, la ville était prête pour la construction d'un temple en pierre. Le projet a commencé en 1815, lorsque le livre pour la collecte de dons a été délivré par la Consistoire spirituelle d'Orenbourg. Cela a été géré par le sergent de réserve Alexandre Malzev. En 1820, le prêtre Dimitri Dmitriev a été nommé à Belebey. La construction de l'église en pierre a pris du temps, la préparation des matériaux a commencé en 1822, et la construction a été achevée en 1828. En novembre de la même année, l'archevêque Ambroise II Morev a consacré le temple.

Le temple a été réalisé dans le style classique, mais ressemblait à une église de village. Les façades étaient décorées de manière austère, et le toit était un dôme avec des lucarnes. Le clocher était bas et massif. Le nouveau temple en pierre a été construit au fond du quartier, et non à l'emplacement de l'ancienne église. Selon différentes versions, un monument a été érigé à l'emplacement de l'ancienne église, qui a ensuite été remplacé par une chapelle. À la fin du XIXe siècle, à l'emplacement de l'une des anciennes églises, une chapelle en brique dans le style russe a été construite, qui a été préservée et se trouve en face de l'église actuelle.

En 1879, l'église de Michel l'archange est devenue cathédrale. En 1915, les paroissiens ont décidé d'agrandir le temple en le transformant en un temple à trois autels dans le style russo-byzantin. Le marchand Mikhaïl Yagodkin a fait la première contribution, mais la reconstruction n'a pas eu lieu en raison des événements historiques.

L'église a été fermée pendant les premières années de la planification quinquennale, le clocher a été démoli, et le bâtiment a été utilisé comme entrepôt. En 1988, à l'occasion du millénaire du baptême de la Russie, le bâtiment a été restitué aux croyants et restauré pour les services religieux. La partie en dôme a été bien restaurée, mais le clocher n'a pas été recréé dans son ancienne forme.

Aujourd'hui, le temple de Michel est situé au centre de la partie historique de Belebey, entouré de bâtiments monumentaux. En 1998, un deuxième autel a été consacré dans l'église en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Vladimir. Parmi les reliques du temple se trouvait une image de saint Séraphin de Sarov, ainsi que des icônes avec des morceaux de reliques de divers saints.