Au XVIe siècle, Nenachevo faisait partie des possessions du monastère masculin de l'Archange à Youriev. Le tsar Ivan le Terrible et son fils Théodore Ivanovitch ont accordé au monastère des lettres de tarhane pour ses biens, y compris Nenachevo. Cependant, ces documents ont été perdus lors du pillage de Youriev par les Polonais et les Lituaniens. En 1625, à la demande de l'archimandrite du monastère de Youriev et de l'Archange, le tsar Mikhaïl Fiodorovitch a délivré un nouveau diplôme de donation pour Nenachevo et d'autres possessions monastiques. Ce diplôme exemptait les villages mentionnés des taxes gouvernementales et conférait le droit de jugement aux autorités monastiques, à l'exception des affaires de meurtre, de vol à main armée et de vol avec effraction. Nenachevo est probablement resté une propriété monastique jusqu'en 1764, lorsque les biens monastiques ont été confisqués au trésor.

Il n'existe pas de données précises sur la date de fondation de l'église dans le village, mais elle existait déjà au XVIe siècle, car dans les lettres royales, Nenachevo est mentionné comme un village. Au XVIIe siècle, une église en bois était dédiée aux Saints martyrs Flor et Lavr. Dans les livres de redevances du décret patriarcal de 1628, il est inscrit : « Église de Flor et Lavr dans le village de Nenachevo dans la propriété du monastère de l'Archange, ce qui à Youriev, cinq altes de redevance avec une dizaine de grivnas ». Dans les livres patriarcaux de 1645-1647, l'église est décrite comme en bois, avec des icônes, des bougies, des livres, des chasubles et des cloches. Sur le terrain de l'église vivaient des clercs et il y avait des terres arables et des prairies.

L'église en bois de Flor et Lavr a duré presque jusqu'à la fin du XVIIIe siècle et a été supprimée en 1782 en raison de sa vétusté. À sa place, les paroissiens ont construit une église en pierre à deux étages avec un clocher. En 1855, une clôture en pierre avec des grilles en fer a été érigée autour de l'église. L'église possédait des terres de domaine, des prairies et des terres cultivées.

Le clergé était composé d'un prêtre et d'un psalmiste, qui recevaient un revenu annuel allant jusqu'à 520 roubles : 300 roubles pour les services, 200 roubles provenant des terres et 20 roubles de la collecte de pain de grain. Les maisons du clergé se trouvaient sur le terrain de l'église. La paroisse comprenait un village avec 105 foyers et une population de 321 hommes et 371 femmes.

L'église existe toujours et possède deux autels : au premier étage en l'honneur de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés », et au rez-de-chaussée, en l'honneur des Saints martyrs Flor et Lavr.